1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
GCGACCTTATTGAGGAGATTATGATTGGCGAGGATAAACTGATTCATTTTTCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttgctcttttattatttaaaacccctttcaagtgttcttttacatagtcaggcattttattgttgataacatattatatcaaatctttttgtc...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G09250.1 |
intron # | 10 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTEST: gi|254341171|gb|GR854899.1|GR854899
genomic: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: ATAG-TTTGAGA-GTGCTAG -CACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTEST: gi|254341476|gb|GR850689.1|GR850689
genomic: ATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTEST: gi|7587915|gb|AW703721.1|AW703721
genomic: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: GTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTEST: gi|192294950|gb|FG986669.1|FG986669
genomic: GTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: TGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTEST: gi|192323338|gb|FK015284.1|FK015284
genomic: TGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTEST: gi|58017055|gb|CX703797.1|CX703797
genomic: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: CTGGTG-TGNCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTEST: gi|15286013|gb|BI469904.1|BI469904
genomic: CTGGTGTTG-CTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTEST: gi|254341170|gb|GR854898.1|GR854898
genomic: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTEST: gi|37994606|gb|CF806288.1|CF806288
genomic: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTEST: gi|193328788|gb|FK293520.1|FK293520
genomic: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAG-TTTGAGAGGTGCTAG CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTEST: gi|24205204|gb|BU964457.1|BU964457
genomic: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTEST: gi|151395521|gb|EV265398.1|EV265398
genomic: TCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
EST: ATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAG CCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
genomic: ATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttg ... tttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCGACCTTATTGAGGAGATTATGATTGGCGAGGATAAACTGATTCATTTTTCTGGTGTTGCTATGGGGCAGGCATGTACAATAGTTTTGAGAGGTGCTAGgtacttgttgctcttttattatttaaaacccctttcaagtgttcttttacatagtcaggcattttattgttgataacatattatatcaaatctttttgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccctttc