Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAGTTATTGCTGGAGAGGGCTTGATTGTGACAGCTGGGGCTATAGATTGTCATGTGCATTTTATATGTCCTCAATTAGTATATGATGCCGTAACAAGTGgtaagtttcataacttgaatcaatttctactaagagtgtgcattacatgtatattaaaatatttaatgcatgctccagtgtgctggattcatgactggta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G37250.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G37250.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
lower sequence: AT1G67550.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
GAAGTTATTGCTGGAGAGGGCTTGATTGTGACAGCTGGGGCTATAGATTGTCATGTGCATTTTATATGTCCTCAATTAGTATATGATGCCGTAACAAGTGgtaagtttcataacttgaatcaatttctactaagagtgtgcattacatgtatattaaaatatttaatgcatgctccagtgtgctggattcatgactggta
|| |||||||||||||| ||  ||||||| || || || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| || ||  |||| ||| |||    || | ||| | ||| |  |  |  ||| |||  |  |  |  || |  ||||  |                                   
GAGGTTATTGCTGGAGAAGGAATGATTGTAACTGCAGGAGCTATTGATTGTCATGTACATTTCATATGTCCTCAATTGGTGTATGAAGCAGTGTCAAGCGgtgagtagagtagcctgactgaatataaagcataagtttgc-ctctaaattcataagtatatgcag----------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151394452|gb|EV264323.1|EV264323
EST:     TCATGTGCATTTTATATGTCCTCAATTAGTATATGATGCCGTAACAAGTG                         GTATCACAACATTAGTGGGAGGAGGAACAGGACCAGCTGATGGAACACGTG
genomic: TCATGTGCATTTTATATGTCCTCAATTAGTATATGATGCCGTAACAAGTGgtaagtttca ... ttgtatatagGTATCACAACATTAGTGGGAGGAGGAACAGGACCAGCTGATGGAACACGTG