Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTCTTCGAGTGTATAATGGAAAGATATTTAAGCTTGAGGAACATCTAGACAGgtagcagtgcagactcgggaagtagaattcaataatgacctatactaacagctgattaactgatcaatggaacatgcatagattgaatgcttgatataat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G29770.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G29770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
lower sequence: AT3G05190.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
-----------------------------------------------GGTCTTCGAGTGTATAATGGAAAGATATTTAAGCTTGAGGAACATCTAGACAGgtagcagtgcagactcgggaagtagaattcaataatgacctatactaacagctgattaactgatcaatggaacatgcatagattgaatgcttgatataat
                                               || |||||  | || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||  ||  |||       |   ||||  ||| ||  |     | ||||||    ||  || | ||||      |  |||  ||| |  ||||   ||  
TTTCTGTTTTTGACTCGGTTGTTCAAGGCGGTGACTCTGTATGGGAAGGACTTCGGATTTACAAGGGAAAGATATTCAAGCTTGAGGAACATCTAGATCGgta--agaacagtt---atatccagaaaccaagaagca-----aataacag--agttttctaagcaatcctgttt-tatatgttggaatcttgggttag-