Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATGATTTCAAGGGCAGACATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATGgttagaatttcattaaccttgtgtttttccgaaagatattttctccaattgagagtcacgatatccattgaacgtgtgaattcaacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G40990.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G40990.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
lower sequence: AT5G08380.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
CATGATTTCAAGGGCAGACATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATGgt-----tagaatttcattaaccttgtgttttt-ccgaaagatattttctccaattgagagtcacgata--tccat--tgaacgtgtgaattcaacag---------
 ||||| ||||  ||||||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||| ||||| |||     ||  || |||  ||     |  |  | |   ||| |  || |     ||| ||   | ||||  | |||  |||  | |||| ||               
TATGATCTCAATAGCAGACATGAATGAAGTCTACGCTGAGCATGCAAGACCTGGTGGCTGGAACGgtactgttattatctcagcaagagactactactactttaagcttgttgcagattttgtgaaggatgataatttcatgatgagtgggtgactttgctgttggttgcag

upper sequence: GLYMA09G40990.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv10s0071g01100.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
CATGATTTCAAGGGCAGACATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATGgttagaatt-----tcattaaccttg-tgtttttccgaaa---gatattttctccaattg---agagtcacgatatccattgaacgtgtgaattcaacag-------------------
|||||| || || || || |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||      |  ||| |    | | |||| ||||   |  ||||  | ||       ||| |   ||| | | |||||        ||     |                   
CATGATGTCTAGAGCTGATATGAATGATGTTTATGCTCAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATGgttagcattattcacctctaatcacaatatatttctgaaactagtaatttcatgcagacagatagatttgtgattttctttgaa-acacccttttttttgtgtgtgtgcgtgaaaatag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208322312|gb|GE121681.1|GE121681
EST:     AGACACGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATTGTACAAAAAATGAATA
genomic: AGACATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATGgttagaattt ... aattcaacagATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGA-TG-ACAAAAAATGAATA
EST: gi|208312867|gb|GE111699.1|GE111699
EST:     ATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATA
genomic: ATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATGgttagaattt ... aattcaacagATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATA
EST: gi|193327671|gb|FK295036.1|FK295036
EST:     AGACATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATA
genomic: AGACATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATGgttagaattt ... aattcaacagATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATA
EST: gi|193303351|gb|FK272573.1|FK272573
EST:     GAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATA
genomic: GAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATGgttagaattt ... aattcaacagATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATA
EST: gi|208090698|gb|GD889625.1|GD889625
EST:     AGACATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAAATGGAGGGATGACAA
genomic: AGACATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATGgttagaattt ... aattcaacagATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAA-TGGAGGGATGACAA
EST: gi|208234165|gb|GE035560.1|GE035560
EST:     TGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGA-TATA
genomic: TGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATGgttagaattt ... aattcaacagATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATA
EST: gi|193685282|gb|FK625770.1|FK625770
EST:     AGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATG                         ATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATA
genomic: AGACATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATGgttagaattt ... aattcaacagATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATATA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CATGATTTCAAGGGCAGACATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATGgttagaatttcattaaccttgtgtttttccgaaagatattttctccaattgagagtcacgatatccattgaacgtgtgaattcaacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG