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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATACGCCCGGTTATCTGAACTTCTTGGCCTACATGATCATCTATTACTGTTGAATGTGATTATTGGCAAGATTGTGACTAACCTTAAGTGCTACACAGAGgtattttttagcttgttttctcatctcaattctttcgtgatttaacacactaattgtgtttgtgctaatttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G00520.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G00520.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv13s0067g01920.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 18
ATACGCCCGGTTATCTGAACTTCTTGGCCTACATGATCATCTATTACTGTTGAATGTGATTATTGGCAAGATTGTGACTAACCTTAAGTGCTACACAGAGgta----ttttttagcttgttttctcatctcaattctttcgtgatttaacacactaattgtgtttgtgctaatttcag-----------------
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ATATGCCCGATTGTCTGAGCTTCTTGGACTACATGATCATCTGTTATTATTGAATGTGATTGTTAGCAAAATCGCTACAAATCTCAAGTGCTACACTGTGgtgagagttgtgtacctgctacttgctctttaacatgctactcaagtgctcatttatctttatttttttttatttttgttttgcatacattgcag
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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ATACGCCCGGTTATCTGAACTTCTTGGCCTACATGATCATCTATTACTGTTGAATGTGATTATTGGCAAGATTGTGACTAACCTTAAGTGCTACACAGAGgtattttttagcttgttttctcatctcaattctttcgtgatttaacacactaattgtgtttgtgctaatttcag

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