Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAATGAGCATTCAGCACTTGCTGCTAGGTTGGCAGCTGGGTTATGTGCTGATCTAGCATCAGCAATTGTTTCTGGGCGAGCCAAAAATGGATTTGCTTTGgtatgaatcatcgagttaactctgaaaactatcatcattagttacaatttaaggttgctatctattagctattaattttattgttgttcctctataaatcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G07990.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G07990.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv17s0000g04120.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
CAATGAGCATTCAGCACTTGCTGCTAGGTTGGCAGCTGGGTTATGTGCTGATCTAGCATCAGCAATTGTTTCTGGGCGAGCCAAAAATGGATTTGCTTTGgtatgaatcatc--gagttaactctgaaaactatcatcattagttacaat--ttaaggttgctatctattagctattaattttattgttgttcctctataaatcag-----
 |||||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||||||||||||| || || |||||| ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||   ||   |   |  || | ||  |  ||     |  |  ||||  |  | |  |  || || |      || |||| |   | || || |   |||        
TAATGAGCATTCAGCACTTGCTGCTCGGCTTGCAGCTGGTTTATGTGCTGATCTTGCTTCTGCAATTTTTTCTGGACGTGCCAAAAATGGTTTTGCTTTGgtatgagaaattttgcactttcttttaagtcattcccagatgttgtcaatagtacatggggaaatttagtgatatatagttttttgaatttttctttcctaattgactcag