Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTTTTTTGGAGTTGATGAAGGTGCCAAGAGTGGAGTCAAAATTAAGAGTATTTGCATTCAAGATTCAGTTTAATTCTCAGgtatggtgatgtctgtaatatttttctgacttctgaatgttcagtggatttggctttttccttcagatatcatactttgcttgttatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G00820.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G00820.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv17s0000g06640.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
TTTTTTTTGGAGTTGATGAAGGTGCCAAGAGTGGAGTCAAAATTAAGAGTATTTGCATTCAAGATTCAGTTTAATTCTCAGgtatggtgatgtctgtaatatttttctgacttctgaatgttcagtggatttggctt-----------tttccttcagatatcatact---ttgcttgttatgcag
|| ||| ||||| ||||||| |||||  | |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |||   |||||||| ||||| | |||| | |  || ||||| || |||| | |   | ||  |   ||            || | | ||   || || |   || ||| || |||||
TTCTTTCTGGAGCTGATGAAAGTGCCCCGTGTGGAGTCTAAATTAAGAGTATTTTCCTTCAAGATTCAATTTGGATCTCAGgtttggtggtatctgcattggttatctga-ttttgaaagatttatagaccttctttgaacaagtaagcttgccttagccgtcttattgttttacttattttgcag