Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTATGAGTTTCCCTTGCAACTTGACCTTGATCGTGAGAATGGAAAATATTTATCACCTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAGgtaatgtagtggtagtggcatctgtatttgttgcagactgtatgattttttatttgggctgctcttctattgatctctcttttcatgacttctttaggag...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G43930.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G43930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv06s0009g00960.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
GTTATGAGTTTCCCTTGCAACTTGACCTTGATCGTGAGAATGGAAAATATTTATCACCTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAGgtaat-gtagtggtagtggcatctg-tatttgttgcagactgtatgattttttatttgggctgctcttctattgatctctcttttcatgacttctttaggag-
| |||||||| ||  |||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||  |||||| ||| ||||| |||||| | ||||| ||||| | ||| |   | ||     || | | ||  | | | |    || | ||| ||  || |          | |  ||  |||  |||   |  | |  || 
GCTATGAGTTCCCTCTGCAACTTGATCTTGATCGAGAGAATGGCAAATATTTATCTCCTGATGCCAATAGGACTGTTCGCAACCTTTACGCCCTTCACAGgtattagtaatatcattgtttattgctctctgaagaataatcaccgactgttttttaaggttataacctagctaaaatca-tttctatgg--tggtcaaaagt

upper sequence: GLYMA02G43930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
lower sequence: PP1S42_181V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 10
GTTATGAGTTTCCCTTGCAACTTGACCTTGATCGTGAGAATGGAAAATATTTATCACCTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAGgtaatgtagtggtagtggcatctgt--atttgttgcagactgtatgattttttatttgggctgctcttctattgatctctcttttcatgacttctttaggag
| |||||||||||  ||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||| | || ||||| |||||  | | ||| || ||| | |||||| | || ||||   |   | | |||  || ||    || | || |  |  | | ||| |||   | |       ||  |||   ||    |||| ||   || || |    
GCTATGAGTTTCCTCTGCAACTAGACCTGGATAGAGAGAATGGAAAATATCTCTCTCCTGATGCTGACCGCAGTGTGCGAAATTTATACACATTGCACAGgtgcggggcttg-agtttcacctcatgatattttacgcaaggaaagatgtttctgtggattaatgctgatatctttcgtagtttttatctatttttaaatg-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254342408|gb|GR858570.1|GR858570
EST:     TTATCACCTGATGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAG                         CGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
genomic: TTATCACCTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAGgtaatgtagt ... ttttccacagCGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
EST: gi|213611118|gb|DB974992.1|DB974992
EST:     TTATCACCTGATGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAG                         CGTTTTGGTTCATAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
genomic: TTATCACCTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAGgtaatgtagt ... ttttccacagCGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
EST: gi|120496383|gb|EH224550.1|EH224550
EST:     TTATCACCTGATGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAG                         CGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
genomic: TTATCACCTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAGgtaatgtagt ... ttttccacagCGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
EST: gi|193509088|gb|FK465572.1|FK465572
EST:     TTATCACCTGATGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAG                         CGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
genomic: TTATCACCTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAGgtaatgtagt ... ttttccacagCGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
EST: gi|193657785|gb|FK607244.1|FK607244
EST:     TTATCACCTGATGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAG                         CGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
genomic: TTATCACCTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAGgtaatgtagt ... ttttccacagCGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
EST: gi|254342407|gb|GR858569.1|GR858569
EST:     TTATCACCTGATGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAG                         CGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
genomic: TTATCACCTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAGgtaatgtagt ... ttttccacagCGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
EST: gi|15813774|gb|BI786049.1|BI786049
EST:     GGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAG                         CGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
genomic: GGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAGgtaatgtagt ... ttttccacagCGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
EST: gi|209717383|gb|BW659059.1|BW659059
EST:     TTATCACCTGATGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAG                         CGTTTTGGTTCATAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
genomic: TTATCACCTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAGgtaatgtagt ... ttttccacagCGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
EST: gi|15204279|gb|BI427047.1|BI427047
EST:     TTATCACCTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAG                         CGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
genomic: TTATCACCTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAGgtaatgtagt ... ttttccacagCGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
EST: gi|207797200|gb|GD771166.1|GD771166
EST:     TTCTACCTTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAG                         CGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
genomic: -TC-ACC-TGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAGgtaatgtagt ... ttttccacagCGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
EST: gi|254333682|gb|GR848600.1|GR848600
EST:     TTATCACCTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAG                         CGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
genomic: TTATCACCTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAGgtaatgtagt ... ttttccacagCGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
EST: gi|208185984|gb|GD987061.1|GD987061
EST:     TTATCACCTGATGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAG                         CGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
genomic: TTATCACCTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAGgtaatgtagt ... ttttccacagCGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
EST: gi|207824387|gb|GD793425.1|GD793425
EST:     CTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAG                         CGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
genomic: CTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAGgtaatgtagt ... ttttccacagCGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
EST: gi|208303952|gb|GE108233.1|GE108233
EST:     TTATCACCTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAG                         CGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
genomic: TTATCACCTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAGgtaatgtagt ... ttttccacagCGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
EST: gi|207758752|gb|GD732144.1|GD732144
EST:     TTATCACCTGATGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAG                         CGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
genomic: TTATCACCTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAGgtaatgtagt ... ttttccacagCGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
EST: gi|193681695|gb|FK620869.1|FK620869
EST:     TTATCACCTGATGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAG                         CGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT
genomic: TTATCACCTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAGgtaatgtagt ... ttttccacagCGTTTTGGTTCACAGTGGTGGTGTGCATGGTGGACATTATTATGCTTTTAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTATGAGTTTCCCTTGCAACTTGACCTTGATCGTGAGAATGGAAAATATTTATCACCTGACGCTGATAGGAATGTCCGCAATCTTTACACACTTCATAGgtaatgtagtggtagtggcatctgtatttgttgcagactgtatgattttttatttgggctgctcttctattgatctctcttttcatgacttctttaggag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT