Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGATGCTAAGAAAGGTGTCCTATTTATTGATTTTCCTCCTGTCCTTCAACTCCAGCTAAAAAGATTTGAATATGACTTTATGCGGGATACTATGGTTAAGgttggctgtccaatggataaatttctttatgccttatcttgatatttgtttgacagttagtacctatctatttaggttgtagaaattttaccacttgatg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G11330.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G11330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os01g56490.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
GGATGCTAAGAAAGGTGTCCTATTTATTGATTTTCCTCCTGTCCTTCAACTCCAGCTAAAAAGATTTGAATATGACTTTATGCGGGATACTATGGTTAAGgttggctgtccaatggataaatttctttatgccttatcttgatatttgtttgacagttagtacctatctatttaggttgtagaaat-tttaccacttgatg--
 ||||| ||||||||  | || |||||||| || ||||| ||||| ||| | ||  ||||  | ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||  |   | || |  |||   || | | || ||| | |  | ||||  |  |   ||  | | | ||  | | |    |   ||| |||| ||   | |   
-GATGCCAAGAAAGGGATGCTTTTTATTGACTTCCCTCCAGTCCTGCAAGTTCAATTAAAGCGGTTTGAATATGATTTTGTGCGGGATACCATGGTTAAGgtctgaaattcactctata---ttttctctggcttgtttctagatttcatctatgatttatccttttcattgtggcgcttgctaatatttaacataggctaca

upper sequence: GLYMA20G11330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G071441_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
GGATGCTAAGAAAGGTGTCCTATTTATTGATTTTCCTCCTGTCCTTCAACTCCAGCTAAAAAGATTTGAATATGACTTTATGCGGGATACTATGGTTAAGgttggctgtccaatggataaatttctttatgccttatcttgatatttgtttgacagttagtacctatctatttaggttgtagaaattttaccac-ttgatg-----
 ||||| ||||||||  | || |||||||| |||||||| || || ||||| ||| ||||| | ||||||||||| ||| |||||||||| ||| | |||||  |   ||       ||  |||  |  |  | ||||  ||| |    ||     ||  |   | | || |||  |||| | ||||  | ||  |||  |     
-GATGCCAAGAAAGGAATGCTTTTTATTGACTTTCCTCCAGTTCTGCAACTTCAGTTAAAACGGTTTGAATATGATTTTGTGCGGGATACGATGCTCAAGgtctgtactcagccttttatcttttatcttagcatatcaagatttcccctt-----ttcatgttt-tatacttacattgtggtaattcaatcaaattggagaagtc

upper sequence: GLYMA20G11330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: Vv06s0009g00960.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
GGATGCTAAGAAAGGTGTCCTATTTATTGATTTTCCTCCTGTCCTTCAACTCCAGCTAAAAAGATTTGAATATGACTTTATGCGGGATACTATGGTTAAGgttggctgtccaatggataaatttctttatgccttatcttgatatttgtttgacagttagtacct---atctatttaggttgtagaaattttaccacttgatg---
 ||||||| ||| |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||  || ||| |||           ||  |||  |||    |  | |  |  |   || || | |   ||  |||    |  |    |||||   ||  | ||   
-GATGCTAGGAAGGGTGTCTTATTCATTGACTTCCCTCCTGTCCTTCAACTTCAGCTGAAGCGATTTGAATATGATTTTATGCGGGACACTATGGTAAAGgtcagcagtctaataaccg------ttcctgctctattacaaagtgtcctatatcattggtgcatcgcatgaattggcttctttcttattttcatacaaggtgtaa

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151412634|gb|EV282446.1|EV282446
EST:     TCCAGCTAAAAAGATTTGAATATGATTTTATGCGGGATACTATGGTTAAG                         ATTAATGACCGTTATGAGTTTCCCTTACAACTTGATCTTGATCGTGAGGAT
genomic: TCCAGCTAAAAAGATTTGAATATGACTTTATGCGGGATACTATGGTTAAGgttggctgtc ... cactatatagATTAATGACCGTTATGAGTTTCCCTTACAACTTGATCTTGATCGTGAGGAT
EST: gi|254341879|gb|GR853016.1|GR853016
EST:     TCCAGCTAAAAAGATTTGAATATGACTTTATGCGGGATACTATGGTTAAG                         ATTAATGACCGTTATGAGTTTCCCTTACAACTTGATCTTGATCGTGAGGAT
genomic: TCCAGCTAAAAAGATTTGAATATGACTTTATGCGGGATACTATGGTTAAGgttggctgtc ... cactatatagATTAATGACCGTTATGAGTTTCCCTTACAACTTGATCTTGATCGTGAGGAT
EST: gi|254341880|gb|GR853017.1|GR853017
EST:     TCCAGCTAAAAAGATTTGAATATGACTTTATGCGGGATACTATGGTTAAG                         ATTAATGACCGTTATGAGTTTCCCTTACAACTTGATCTTGATCGTGAGGAT
genomic: TCCAGCTAAAAAGATTTGAATATGACTTTATGCGGGATACTATGGTTAAGgttggctgtc ... cactatatagATTAATGACCGTTATGAGTTTCCCTTACAACTTGATCTTGATCGTGAGGAT