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 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGGGGGGCGCGGCGTTCCTGTCCGGTTCAATCCCAGAAATGGGAGGTCGATTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAGgtttgtgttttgtttctttttttaggttttgagttacttgatattagtttaattggggagatataaggtgagttgatggttaaaggagaaggaacgatgg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G27590.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298191972|gb|HO036054.1|HO036054
EST:     TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAG                         GATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
genomic: TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAGgtttgtgttt ... tcttttgcagGATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
EST: gi|58017454|gb|CX704196.1|CX704196
EST:     TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAG                         GATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
genomic: TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAGgtttgtgttt ... tcttttgcagGATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
EST: gi|298172623|gb|HO019663.1|HO019663
EST:     TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAG                         GATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
genomic: TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAGgtttgtgttt ... tcttttgcagGATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
EST: gi|193459002|gb|FK421739.1|FK421739
EST:     TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAG                         GATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
genomic: TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAGgtttgtgttt ... tcttttgcagGATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
EST: gi|21889952|gb|BQ743165.1|BQ743165
EST:     TGATGGAGAACCTAAG                         GATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
genomic: TGATGGAGAACCTAAGgtttgtgttt ... tcttttgcagGATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
EST: gi|208311852|gb|GE102690.1|GE102690
EST:     TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAG                         GATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
genomic: TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAGgtttgtgttt ... tcttttgcagGATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
EST: gi|254339895|gb|GR858020.1|GR858020
EST:     TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAG                         GATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
genomic: TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAGgtttgtgttt ... tcttttgcagGATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
EST: gi|14259736|gb|BG882644.1|BG882644
EST:     TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAG                         GATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
genomic: TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAGgtttgtgttt ... tcttttgcagGATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
EST: gi|207736752|gb|GD711805.1|GD711805
EST:     TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAG                         GATTCACTTGTTAAA
genomic: TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAGgtttgtgttt ... tcttttgcagGATTCACTTGTTAAA
EST: gi|208069268|gb|GD870044.1|GD870044
EST:     TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAG                         GATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
genomic: TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAGgtttgtgttt ... tcttttgcagGATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
EST: gi|254339896|gb|GR858021.1|GR858021
EST:     TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAG                         GATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
genomic: TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAGgtttgtgttt ... tcttttgcagGATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
EST: gi|207774869|gb|GD747645.1|GD747645
EST:     GATGGAGAACCTAAG                         GATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
genomic: GATGGAGAACCTAAGgtttgtgttt ... tcttttgcagGATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
EST: gi|19052477|gb|BM731144.1|BM731144
EST:     TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAG                         GATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
genomic: TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAGgtttgtgttt ... tcttttgcagGATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
EST: gi|21675961|gb|BQ628312.1|BQ628312
EST:     TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAG                         GATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA
genomic: TTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAGgtttgtgttt ... tcttttgcagGATTCACTTGTTAAACCAGTGACGAGGATCTTGGTTGGGGTTGCTTTAATA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CGGGGGGCGCGGCGTTCCTGTCCGGTTCAATCCCAGAAATGGGAGGTCGATTTTGACGTACAGGGATGGGGCTGTTGTTTACCTTGATGGAGAACCTAAGgtttgtgttttgtttctttttttaggttttgagttacttgatattagtttaattggggagatataaggtgagttgatggttaaaggagaaggaacgatgg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggggaga