Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCGGTGGCTTCCTCTTGCGCTTCGCCCAGTTCTCTTTCGCCCTCGTTTCCCTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcattaattcccccctttccttattttctgtttaatcgtgcttatttttaattgggtttgtggtaattgttgatttgggcttgttttttgtgttca...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G27190.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213600799|gb|DB958419.1|DB958419
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTTACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|23726888|gb|BU761447.1|BU761447
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|298196669|gb|HO041412.1|HO041412
EST:     CTCTCCGTCATGGCCACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|298185848|gb|HO031009.1|HO031009
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|151400717|gb|EV270531.1|EV270531
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|298198772|gb|HO042135.1|HO042135
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|151413142|gb|EV282950.1|EV282950
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|6719810|gb|AW307457.1|AW307457
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|192328731|gb|FK022531.1|FK022531
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|209719175|gb|BW662779.1|BW662779
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTTACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|16105480|gb|BI893220.1|BI893220
EST:     TCTCCGTCATGGCTACTATCCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: TCTCCGTCATGGCTACCA-CCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|298180414|gb|HO021967.1|HO021967
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCCGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|6848954|gb|AW351244.1|AW351244
EST:     TCTGTCACNGNCTTCCG                         CTANCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGNNNNNCTTTGGG
genomic: TCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|298192106|gb|HO036188.1|HO036188
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAGGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|192328732|gb|FK022532.1|FK022532
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|18040471|gb|BM308765.1|BM308765
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|10843173|gb|BF066486.1|BF066486
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|298167497|gb|HO012760.1|HO012760
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|298192995|gb|HO033440.1|HO033440
EST:     CTCTCCGTCAGGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|298166154|gb|HO009125.1|HO009125
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|298199428|gb|HO042791.1|HO042791
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCGGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTCGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|17022079|gb|BM093113.1|BM093113
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|298178319|gb|HO024054.1|HO024054
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|298182989|gb|HO028252.1|HO028252
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|298193754|gb|HO040402.1|HO040402
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|209719176|gb|BW662780.1|BW662780
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTTACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|151396857|gb|EV266730.1|EV266730
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|193524107|gb|FK481432.1|FK481432
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|192330425|gb|FK022626.1|FK022626
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|298190153|gb|HO032274.1|HO032274
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCGAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|208341130|gb|GE134962.1|GE134962
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCT
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCT
EST: gi|4396929|gb|AI495926.1|AI495926
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|298164706|gb|HO014351.1|HO014351
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|193639173|gb|FK586394.1|FK586394
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTC
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTC
EST: gi|151394058|gb|EV263929.1|EV263929
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTT
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTG-T--CAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTT
EST: gi|298182008|gb|HO026183.1|HO026183
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|6914735|gb|AW396265.1|AW396265
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
EST: gi|151410068|gb|EV279876.1|EV279876
EST:     CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCG                         CTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCAGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG
genomic: CTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcatta ... cttgtaccagCTACCTTGTTGCTGCTGTCAGCCTGCAAAGCTTGTGGAGCCTCTCTTTGGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCGGTGGCTTCCTCTTGCGCTTCGCCCAGTTCTCTTTCGCCCTCGTTTCCCTCTCCGTCATGGCTACCACCTCCGATTTCCCTTCTGTCACTGCCTTCCGgtattcattaattcccccctttccttattttctgtttaatcgtgcttatttttaattgggtttgtggtaattgttgatttgggcttgttttttgtgttca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttccccc