Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGTTTTAGTCTTCTTCTGCACCCGCGCCGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctgatttctcccccgtgttcgtgtgttggttcatactaccaaatttcgttgtggggtttcctagattcgctttattatccttcgtatcttaca...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G10950.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192315581|gb|FK007409.1|FK007409
EST:     CTTCTGCACCCGCGCCGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTG                         TGACAATGGTGAGGG-TAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
genomic: CTTCTGCACCCGCGCCGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: gi|192323577|gb|FK016408.1|FK016408
EST:     CTTCTGCACCCGCGCCGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTG                         TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
genomic: CTTCTGCACCCGCGCCGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: gi|151396894|gb|EV266767.1|EV266767
EST:     CTTCTGCACCCGCGCCGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTG                         TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
genomic: CTTCTGCACCCGCGCCGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: gi|192317203|gb|FK009790.1|FK009790
EST:     A-TCTTCTTCTGCACCCGCGCCGTTTCAGTGCTTTTACTCTGCTACCTTG                         TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
genomic: AGTCTTCTTCTGCACCCGCGCCGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: gi|7233553|gb|AW568958.1|AW568958
EST:     TACTCTGCTACCTTG                         TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
genomic: TACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: gi|10845853|gb|BF068889.1|BF068889
EST:     CGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTG                         TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
genomic: CGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: gi|6719259|gb|AW306906.1|AW306906
EST:     TCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTG                         TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
genomic: TCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: gi|7232716|gb|AW568070.1|AW568070
EST:     GCCGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTG                         TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
genomic: GCCGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: gi|9439948|gb|BE440460.1|BE440460
EST:     TGTGCTTTTACTCTGCTACCTTG                         TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
genomic: TGTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: gi|6069985|gb|AW099565.1|AW099565
EST:     CGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTG                         TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
genomic: CGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: gi|7233893|gb|AW569235.1|AW569235
EST:     GTGCTTTTACTCTGCTACCTTG                         TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
genomic: GTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: gi|10238872|gb|BE807768.1|BE807768
EST:     TTTTACTCTGCTACCTTG                         TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
genomic: TTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CGTTTTAGTCTTCTTCTGCACCCGCGCCGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctgatttctcccccgtgttcgtgtgttggttcatactaccaaatttcgttgtggggtttcctagattcgctttattatccttcgtatcttaca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctccccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtggggt