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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTCTGTCCCCATTGGATGGTCGTTATTGGAGCAAAGTTAAGGAACTTGCTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAGgtaccctttcgttaattcccctcttttctgagagccttttgattaaagtacccttttttgttttttgttttgaattttctcttctgtgtattgttgctctctgatgtggtatatgtgtgtgtgcttcctgttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G06780.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G06780.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: Vv13s0019g03330.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GGCTCTGTCCCCATTGGATGGTCGTTATTGGAGCAAAGTTAAGGAACTTGCTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAGgtacc-ctttcgttaattcccctcttttctgagagccttttgattaaagtacccttttttgtttttt----gttttgaattttctcttctgtgtattgttgctctctgatgtggtatatgtgtgtgtgcttcctgttag
 ||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||  | |||||||   |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||  || |   ||  || ||   || | | | | ||| |  |||| | | |  |  | |    |   | || ||| |  ||  ||||||  ||                                      
AGCTTTGTCGCCTTTGGATGGTCGTTATTGGAGTAAAGTCAAGGACTTGGCTCCTTACATGAGTGAATATGGCCTAATCCACTTTCGAGTTCTTGTTGAGgtactactttaattcaaaacctcctattt--agtgtcgtattatttagataccttctctactcatgttagagcagtcaactttgttatc-atgtattagtgta------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209723707|gb|BW682786.1|BW682786
EST:     CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAG                         ATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
genomic: CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAGgtaccctttc ... ttcctgttagATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
EST: gi|213602108|gb|DB962601.1|DB962601
EST:     CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAG                         ATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
genomic: CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAGgtaccctttc ... ttcctgttagATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
EST: gi|192331879|gb|FK026663.1|FK026663
EST:     CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGGG                         ATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
genomic: CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAGgtaccctttc ... ttcctgttagATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
EST: gi|298175020|gb|HO018015.1|HO018015
EST:     CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAG                         ATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
genomic: CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAGgtaccctttc ... ttcctgttagATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
EST: gi|8284295|gb|BE021854.1|BE021854
EST:     CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAG                         ATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTGGAGGTTCCC
genomic: CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAGgtaccctttc ... ttcctgttagATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
EST: gi|213587578|gb|DB969719.1|DB969719
EST:     CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAG                         ATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
genomic: CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAGgtaccctttc ... ttcctgttagATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
EST: gi|209703690|gb|BW670680.1|BW670680
EST:     CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAG                         ATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
genomic: CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAGgtaccctttc ... ttcctgttagATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
EST: gi|209715661|gb|BW674347.1|BW674347
EST:     CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAG                         ATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
genomic: CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAGgtaccctttc ... ttcctgttagATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
EST: gi|213605458|gb|DB966951.1|DB966951
EST:     CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAG                         ATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
genomic: CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAGgtaccctttc ... ttcctgttagATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC