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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAATTGATCGAGTCGAAAAGAACCCTAACAATAACATGGATTCTCAGGTTGCCGTAGCTCTTGCTCTTTCACTTGTTGGTGGTGTCAGCACTTCTATCGgtacacaatttcacttacatagcttcaacattgttatttcattttcaattggttatttatttatttatttatgccagttccagctcttgatgaaagcttatcatcagttatttatttgttatcgatttgtcttttgaattatagtatttccgttcagtttttgtgtgtgtcgttgtgaaacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G41580.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192323380|gb|FK017081.1|FK017081
EST:     TGCCGTAGCTCTTGCTCTTTCACTTGTTGGTGGTGTCAGCACTTCTATCG                         GTGCACTTTTTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGC
genomic: TGCCGTAGCTCTTGCTCTTTCACTTGTTGGTGGTGTCAGCACTTCTATCGgtacacaatt ... tgtgaaacagGTGCACTTTTTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGC
EST: gi|298174471|gb|HO014616.1|HO014616
EST:     TGCCGTAGCTCTTGCTCTTTCACTTGTTGGTGGTGTCAGCACTTCTATCG                         GTGCACTTTTTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGC
genomic: TGCCGTAGCTCTTGCTCTTTCACTTGTTGGTGGTGTCAGCACTTCTATCGgtacacaatt ... tgtgaaacagGTGCACTTTTTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGC
EST: gi|192300198|gb|FG989320.1|FG989320
EST:     TGCCGTAGCTCTTGCTCTTTCACTTGTTGGTGGTGTCAGCACTTCTATCG                         GTGCACTTTTTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGC
genomic: TGCCGTAGCTCTTGCTCTTTCACTTGTTGGTGGTGTCAGCACTTCTATCGgtacacaatt ... tgtgaaacagGTGCACTTTTTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGC
EST: gi|213617692|gb|DB967222.1|DB967222
EST:     TGCCGTAGCTCTTGCTCTTTCACTTGTTGGTGGTGTCAGCACTTCTATCG                         GTGCACTTTTTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGC
genomic: TGCCGTAGCTCTTGCTCTTTCACTTGTTGGTGGTGTCAGCACTTCTATCGgtacacaatt ... tgtgaaacagGTGCACTTTTTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGC
EST: gi|298198295|gb|HO039834.1|HO039834
EST:     TGCCGTAGCTCTTGCTCTTTCACTTGTTGGTGGTGTCAGCACTTCTATCG                         GTGCACTTTTTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTAAAGATGCTTGGGC
genomic: TGCCGTAGCTCTTGCTCTTTCACTTGTTGGTGGTGTCAGCACTTCTATCGgtacacaatt ... tgtgaaacagGTGCACTTTTTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGC
EST: gi|298167335|gb|HO010774.1|HO010774
EST:     TGCCGTAGCTCTTGCTCTTTCACTTGTTGGTGGTGTCAGCACTTCTATCG                         GTGCACTTTTTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGC
genomic: TGCCGTAGCTCTTGCTCTTTCACTTGTTGGTGGTGTCAGCACTTCTATCGgtacacaatt ... tgtgaaacagGTGCACTTTTTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GAAATTGATCGAGTCGAAAAGAACCCTAACAATAACATGGATTCTCAGGTTGCCGTAGCTCTTGCTCTTTCACTTGTTGGTGGTGTCAGCACTTCTATCGgtacacaatttcacttacatagcttcaacattgttatttcattttcaattggttatttatttatttatttatgccagttccagctcttgatgaaagcttatcatcagttatttatttgttatcgatttgtcttttgaattatagtatttccgttcagtttttgtgtgtgtcgttgtgaaacag

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