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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAATTTGAGCAACTAGGGTTTTTACTTGTCCTTCTTTGCGAGATTGAATCGTAAGCAGCGGCTACCCTAATCCTCTCCTCTTCCTCTCTACTAATTTCAGgtacactcactcactggcatttcaattttttcattgaaagtgttgttctttctttcgctgcaccctccaacacttcattcgttagatatctctcttaattatcgaaacggtttcaacactctgcttcgttctgcattggttctcttcctttcctctttttttccctttctgtaattgtatctgtttgtttatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G37610.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


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EST:     GTAAGCAGCGGCTACCCTAATCCTCTCCTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
genomic: GTAAGCAGCGGCTACCCTAATCCTCTCCTCTTCCTCTCTACTAATTTCAGgtacactcac ... gtttatgcagCTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
EST: gi|192324881|gb|FK016082.1|FK016082
EST:     GTAAGCAGCGGCTACCCTAATCCTCTCCTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
genomic: GTAAGCAGCGGCTACCCTAATCCTCTCCTCTTCCTCTCTACTAATTTCAGgtacactcac ... gtttatgcagCTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
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EST:     GTAAGCAGCGGCTACCCTAATCCTCTCCTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
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EST:     CGGCTACCCTAATCCTCTCCTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
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EST: gi|193527984|gb|FK483486.1|FK483486
EST:     GTAAGCAGCGGCTACCCTAATCCTCTCCTCTTCCTCTCTACTAATTCCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
genomic: GTAAGCAGCGGCTACCCTAATCCTCTCCTCTTCCTCTCTACTAATTTCAGgtacactcac ... gtttatgcagCTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
EST: gi|58014348|gb|CX701090.1|CX701090
EST:     CTCTCCTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGCCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCCACCCAGATCGATGTC
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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AAATTTGAGCAACTAGGGTTTTTACTTGTCCTTCTTTGCGAGATTGAATCGTAAGCAGCGGCTACCCTAATCCTCTCCTCTTCCTCTCTACTAATTTCAGgtacactcactcactggcatttcaattttttcattgaaagtgttgttctttctttcgctgcaccctccaacacttcattcgttagatatctctcttaattatcgaaacggtttcaacactctgcttcgttctgcattggttctcttcctttcctctttttttccctttctgtaattgtatctgtttgtttatgcag

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