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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAATTTGAGCAACTAGGGTTTTAAGTTGTGGTTCTTGTTTGCGAGATAGAAGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAGgtacaatcactgccatttcaatcttttcattgaaagtcttgttctttctgccgctccaccattcgttagatatctctcttaatcatcgaagggtttcaac...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G32850.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298163082|gb|HO011815.1|HO011815
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EST: gi|19053070|gb|BM731737.1|BM731737
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EST: gi|298197636|gb|HO045115.1|HO045115
EST:     AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
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EST: gi|19934619|gb|BQ079649.1|BQ079649
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EST: gi|298178410|gb|HO024145.1|HO024145
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EST: gi|298166705|gb|HO010144.1|HO010144
EST:     AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
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EST: gi|298169887|gb|HO018511.1|HO018511
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EST: gi|151394461|gb|EV264332.1|EV264332
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EST: gi|213604803|gb|DB960526.1|DB960526
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EST: gi|213589928|gb|DB959483.1|DB959483
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EST:     AGCGTAAGCAGCGTCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGCCA
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EST: gi|298193077|gb|HO033511.1|HO033511
EST:     AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
genomic: AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAGgtacaatcac ... gttcttgaagCTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
EST: gi|13251909|gb|BG362812.1|BG362812
EST:     GTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
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EST: gi|193722166|gb|FK660776.1|FK660776
EST:     AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
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EST: gi|193476050|gb|FK441347.1|FK441347
EST:     AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
genomic: AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAGgtacaatcac ... gttcttgaagCTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
EST: gi|193517028|gb|FK476096.1|FK476096
EST:     AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
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EST:     CCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
genomic: CCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAGgtacaatcac ... gttcttgaagCTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
EST: gi|193725948|gb|FK658898.1|FK658898
EST:     AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
genomic: AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAGgtacaatcac ... gttcttgaagCTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
EST: gi|33388884|gb|CA852091.1|CA852091
EST:     AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         NTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
genomic: AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAGgtacaatcac ... gttcttgaagCTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
EST: gi|298187118|gb|HO034267.1|HO034267
EST:     AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTTTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
genomic: AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAGgtacaatcac ... gttcttgaagCTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
EST: gi|9564033|gb|BE473542.1|BE473542
EST:     GCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
genomic: GCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAGgtacaatcac ... gttcttgaagCTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
EST: gi|42722858|gb|CK768757.1|CK768757
EST:     AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
genomic: AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAGgtacaatcac ... gttcttgaagCTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
EST: gi|192301185|gb|FG990165.1|FG990165
EST:     AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
genomic: AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAGgtacaatcac ... gttcttgaagCTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
EST: gi|20207510|gb|BQ133599.1|BQ133599
EST:     GCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
genomic: GCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAGgtacaatcac ... gttcttgaagCTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
EST: gi|192333172|gb|FK026501.1|FK026501
EST:     AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
genomic: AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAGgtacaatcac ... gttcttgaagCTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
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EST:     AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
genomic: AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAGgtacaatcac ... gttcttgaagCTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
EST: gi|193568377|gb|FK523468.1|FK523468
EST:     AGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAG                         CTATGGCCGACGAAGCTGTGGTTGTTCCAGATCCCACCCAGATCGATGTCA
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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AAATTTGAGCAACTAGGGTTTTAAGTTGTGGTTCTTGTTTGCGAGATAGAAGCGTAAGCAGCGGCTACCCTAACCTCGTCTTCCTCTCTACTAATTTCAGgtacaatcactgccatttcaatcttttcattgaaagtcttgttctttctgccgctccaccattcgttagatatctctcttaatcatcgaagggtttcaac

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