Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTTGCAGCGGACACTGCGGCTTCCACCACCGATGCTGCCGTACAGAAGAGCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAGgtaaacttttcatactcctgcttcgtagttgttaacttcatatatataaggattcttttgcatttgctaagactgagcgagttttgtgacgcgtcacgtg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G06920.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G06920.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G110063_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
---GGTTGCAGCGGACACTGCGGCTTCCACCACCGATGCTGCCGTACAGAAGAGCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAGgtaaacttttcatactcctgcttcgtagttgttaacttcat-atatataaggattcttttgcatttgctaagactgagcgagttttgtgacgcgtcacgtg
   ||  || | ||||   || |      |  | |   | || || ||||||| ||| || |||||||||||||||||||| ||  | ||| |||||||||||||||   || | || ||      ||     |        |  |  ||   |  |  || ||       | |    |  ||| ||  | |    |  | |||
CGCGGGCGCGGGGGACGACGCCGGCCAAGCTGCGG---CGGCGGTCCAGAAGAACGGCGGCTGGTTCGGCTTCATCTCCGAGGCCCTCGAGGTCGTTCTCAAGgtaatgattgcctaatcaatggacgggcccgcggctgctaccacgtaccggattctttctgggagaattgaatgcgcccgaattaagagttatggaa-gtg
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|20815132|gb|BQ299610.1|BQ299610
EST:     GCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAG                         GTGTTGAAGGATGGTCTTTCTGCCGTGCATGTCCCTTATGCATATGGATTT
genomic: GCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAGgtaaactttt ... ttgttttcagGTGTTGAAGGATGGTCTTTCTGCCGTGCATGTCCCTTATGCATATGGATTT
EST: gi|298175187|gb|HO014990.1|HO014990
EST:     GCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAG                         GTGTTGAAGGATGGTCTTTCTGCCGTGCATGTCCCTTATGCATATGGATTT
genomic: GCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAGgtaaactttt ... ttgttttcagGTGTTGAAGGATGGTCTTTCTGCCGTGCATGTCCCTTATGCATATGGATTT
EST: gi|10847282|gb|BF071525.1|BF071525
EST:     GCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAG                         GTGTTGAAGGATGGTCTTTCTGCCGTGCATGTCCCTTATGCATATGGATTT
genomic: GCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAGgtaaactttt ... ttgttttcagGTGTTGAAGGATGGTCTTTCTGCCGTGCATGTCCCTTATGCATATGGATTT
EST: gi|120533265|gb|EH261398.1|EH261398
EST:     GCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAG                         GTGTTGAAGGATGGTCTTTCTGCCGTGCATGTCCCTTATGCATATGGATTT
genomic: GCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAGgtaaactttt ... ttgttttcagGTGTTGAAGGATGGTCTTTCTGCCGTGCATGTCCCTTATGCATATGGATTT
EST: gi|120533673|gb|EH261806.1|EH261806
EST:     GCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAG                         GTGTTGAAGGATGGTCTTTCTGCCGTGCATGTCCCTTATGCATATGGATTT
genomic: GCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAGgtaaactttt ... ttgttttcagGTGTTGAAGGATGGTCTTTCTGCCGTGCATGTCCCTTATGCATATGGATTT
EST: gi|20207804|gb|BQ133893.1|BQ133893
EST:     GCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAG                         GTGTTGAAGGATGGTCTTTCTGCCGTGCATGTCCCTTATGCATATGGATTT
genomic: GCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAGgtaaactttt ... ttgttttcagGTGTTGAAGGATGGTCTTTCTGCCGTGCATGTCCCTTATGCATATGGATTT
EST: gi|120533657|gb|EH261790.1|EH261790
EST:     GCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAG                         GTGTTGAAGGATGGTCTTTCTGCCGTGCATGTCCCTTATGCATATGGATTT
genomic: GCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAGgtaaactttt ... ttgttttcagGTGTTGAAGGATGGTCTTTCTGCCGTGCATGTCCCTTATGCATATGGATTT
EST: gi|209720713|gb|BW677531.1|BW677531
EST:     GCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAG                         GTGTTGAAGGATGGTCTTTCTGCCGTGCATGTCCCTTATGCATATGGATTT
genomic: GCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAGgtaaactttt ... ttgttttcagGTGTTGAAGGATGGTCTTTCTGCCGTGCATGTCCCTTATGCATATGGATTT
EST: gi|15285612|gb|BI469503.1|BI469503
EST:     GCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAG                         GTGTTGAAGGATGGTCTTTCTGCCGTGCATGTCCCCTATGCATATGGATTT
genomic: GCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAGgtaaactttt ... ttgttttcagGTGTTGAAGGATGGTCTTTCTGCCGTGCATGTCCCTTATGCATATGGATTT
EST: gi|6134125|gb|AW132518.1|AW132518
EST:     GCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAG                         GTGTTGAAGGATGGTCTTTCTGCCGTGCATGTCCCTTATGCATATGGATTT
genomic: GCGGAGGTTGGTTCGGCTTCATCTCCGAAGCTATGGAGTTCGTTCTCAAGgtaaactttt ... ttgttttcagGTGTTGAAGGATGGTCTTTCTGCCGTGCATGTCCCTTATGCATATGGATTT