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 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCGGCTAGGGTTCCCAAGAAGGTGCTGCAGTTCGCGGGGATTGATGATGTTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtatttttttaccaatttgttacttttcatattttagattgccgacgacattgtaaaaatttagggcaaattagggtcgtgcttcaaatgtgac...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G02190.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G02190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: Vv08s0007g08370.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
GGCGGCTAGGGTTCCCAAGAAGGTGCTGCAGTTCGCGGGGATTGATGATGTTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttg-tgtatttttttaccaa-tttgttacttttcat---attttagattgc--cgacgacattgtaaaaatttagggcaaattagggtcgtgcttcaaatgtgac
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GGCCGCTAGGGTTCCAAAGAAGGTTTTGCAGTTTGCTGGAATCGAGGACGTGTTCACTTCTTCCAGGGGTTCAACCAAAACCCTCGGAAATTTCGTCAAGgtttgatctatttctttgtctgctttgttgatttggatttgattcgaaaatgtttctacgtttatcttcagatttaagtttatttgag----tgaattaatctc---

upper sequence: GLYMA11G02190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: PP1S10_190V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
GGCGGCTAGGGTTCCCAAGAAGGTGCTGCAGTTCGCGGGGATTGATGATGTTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtatttttttaccaatttgttacttttcatattttagattg--ccgacgacattgtaaaaatttagg--gcaaattagggtcgtgcttcaaatgtgac
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CGCCGCCCGCGTGCCCAAGAAGGTTTTGCAGTTTGCCGGTATTGAGGATGTGTTCACCTCTTCCCGCGGCTCCACCAAGACCCTCGGTAACTTCGTGAAGgtgagctggtttcattcggaatactcttcgtcttagtgatgaagtaggcctaatttgattgtaatgctgtcgatagtatgttgagcattgacttgtgatg----

upper sequence: GLYMA11G02190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: PP1S400_15V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
GGCGGCTAGGGTTCCCAAGAAGGTGCTGCAGTTCGCGGGGATTGATGATGTTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtatttttttaccaatttgttacttttcatattttagattgccg-acgacattgtaaaaatttagggcaaattagggtcgtgcttcaaatgtgac-----
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CGCTGCACGCGTGCCCAAGAAGGTTTTGCAGTTCGCCGGTATTGAGGATGTTTTCACCTCTTCCCGCGGATCCACCAAGACCCTCGGTAATTTCGTGAAGgtgagcaaatttgcttag-ggcgtgtga-tgcttgtgtgttaatgtactgtattaaatcctga----ttagggtttctcgattcggaactgaaattgtcctagtct

upper sequence: GLYMA11G02190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: EFJ35105 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 1
GGCGGCTAGGGTTCCCAAGAAGGTGCTGCAGTTCGCGGGGATTGATGATGTTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtatttttttaccaatttgttacttttcatattttagattgccgacgacattgtaaaaatttagggcaaattagggtcgtgcttcaaatgtgac
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TGCCGCTCGCGTCCCCAAAAAGGTGCTCCAGTTTGCCGGGATCGAGGACGTTTTCACCTCGTCGCGCGGATCGACCAAGACTCTGGGAAACTTCGTCAAGgt--gaggatt--------gatctgatcgttct----tctttcactctcgacgagtttttcttggtttttggcag-------------------------

upper sequence: GLYMA11G02190.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: EFJ24057 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 1
GGCGGCTAGGGTTCCCAAGAAGGTGCTGCAGTTCGCGGGGATTGATGATGTTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtatttttttaccaatttgttacttttcatattttagattgccgacgacattgtaaaaatttagggcaaattagggtcgtgcttcaaatgtgac
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TGCCGCTCGCGTCCCCAAGAAGGTGCTCCAGTTTGCCGGGATCGAGGATGTTTTCACCTCGTCGCGCGGATCGACCAAGACACTCGGCAACTTCGTCAAGgtgaggat-tggtctgatcgttctttcattctcgacgagtt---tttcttggtctttcgcag--------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193574684|gb|FK527499.1|FK527499
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|207733159|gb|GD710437.1|GD710437
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|208095701|gb|GD897163.1|GD897163
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|193389298|gb|FK356703.1|FK356703
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGGTCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|193541251|gb|FK497883.1|FK497883
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGAACAACCAAGAA
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGA-CA-CCA-GAA
EST: gi|209723538|gb|BW669541.1|BW669541
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|207834547|gb|GD807792.1|GD807792
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTA
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTA
EST: gi|193541100|gb|FK498712.1|FK498712
EST:     TTTCTACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTC-ACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|193392486|gb|FK358337.1|FK358337
EST:     TCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|193414656|gb|FK379672.1|FK379672
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|192322617|gb|FK014738.1|FK014738
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|7588867|gb|AW704653.1|AW704653
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|193717595|gb|FK650347.1|FK650347
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|207731885|gb|GD705174.1|GD705174
EST:     CTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: CTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|208054642|gb|GD852721.1|GD852721
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATT
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATG-AAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATT
EST: gi|193467933|gb|FK431744.1|FK431744
EST:     ACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTTGTATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAAT
genomic: ACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTAC-TTTTG-ATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAAT
EST: gi|208220150|gb|GE015830.1|GE015830
EST:     CTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|208283928|gb|GE082432.1|GE082432
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|213610567|gb|DB978580.1|DB978580
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|193551083|gb|FK507952.1|FK507952
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|208321316|gb|GE118151.1|GE118151
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|193334833|gb|FK298441.1|FK298441
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|58022044|gb|CX708785.1|CX708785
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|18692841|gb|BM521689.1|BM521689
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|31472687|gb|CD414715.1|CD414715
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|208178003|gb|GD976458.1|GD976458
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATT
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATG-AAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATT
EST: gi|22932127|gb|BU549266.1|BU549266
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|207705348|gb|GD687380.1|GD687380
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|193538860|gb|FK496822.1|FK496822
EST:     TTT-CACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATAGAAAACCTATGGATTCCTGACAACCAGAAT
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGAT-GAAAACCTATGGATTCCTGACA-CCAGAAT
EST: gi|208183539|gb|GD982867.1|GD982867
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATT
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATT
EST: gi|208191679|gb|GD991039.1|GD991039
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCCACTTTTGA
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGA
EST: gi|207814592|gb|GD787717.1|GD787717
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAAC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAAC
EST: gi|193635380|gb|FK584775.1|FK584775
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTCGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|193485647|gb|FK449118.1|FK449118
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|208035905|gb|GD836004.1|GD836004
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATG-AAACCTATGGATTCCTGACACCTGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|193539962|gb|FK496972.1|FK496972
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAGTTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|193515971|gb|FK475199.1|FK475199
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
genomic: TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtat ... tttttgacagGCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
EST: gi|208222628|gb|GE017405.1|GE017405
EST:     TTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAG                         GCTACTTTTGATTGCTTGATGAAAACCTATGGATTCCTGACACCAGAATTC
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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCGGCTAGGGTTCCCAAGAAGGTGCTGCAGTTCGCGGGGATTGATGATGTTTTCACCTCCTCCAGAGGATCCACCAAGACCCTCGGCAACTTCGTTAAGgtttgtgtatttttttaccaatttgttacttttcatattttagattgccgacgacattgtaaaaatttagggcaaattagggtcgtgcttcaaatgtgac

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT