Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGTTGCAAAAATCCGATCAGAAGACAGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaatccaactctcttgtttgtttcctgtgacaaactttttctctcttttcctttgttaatcagcaaattctaccttttaccttaaagatatta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G38940.3
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22525505|gb|BU084316.1|BU084316
EST:     CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|254329556|gb|GR839109.1|GR839109
EST:     CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|120493118|gb|EH221285.1|EH221285
EST:     CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|6724539|gb|AW308938.1|AW308938
EST:     CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|9819664|gb|BE555177.1|BE555177
EST:     CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|13482036|gb|BG511379.1|BG511379
EST:     CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|15813895|gb|BI786170.1|BI786170
EST:     CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|14258511|gb|BG881419.1|BG881419
EST:     CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|8826939|gb|BE210669.1|BE210669
EST:     CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|254315800|gb|GR825609.1|GR825609
EST:     CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|213604889|gb|DB960570.1|DB960570
EST:     AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|13481853|gb|BG511196.1|BG511196
EST:     CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         G-TCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|6501990|gb|AW203363.1|AW203363
EST:     CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|192296027|gb|FG989421.1|FG989421
EST:     CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|298186912|gb|HO034011.1|HO034011
EST:     AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|192318385|gb|FK006505.1|FK006505
EST:     AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAGACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|298174446|gb|HO014591.1|HO014591
EST:     AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|298167016|gb|HO010455.1|HO010455
EST:     AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|9902326|gb|BE611294.1|BE611294
EST:     CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|10844547|gb|BF067878.1|BF067878
EST:     AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|27426192|gb|CA937712.1|CA937712
EST:     CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|298170925|gb|HO015901.1|HO015901
EST:     AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|298194017|gb|HO040665.1|HO040665
EST:     AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|298198070|gb|HO039609.1|HO039609
EST:     AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|298184067|gb|HO029280.1|HO029280
EST:     AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGCCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|13312690|gb|BG406341.1|BG406341
EST:     AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|7283509|gb|AW596116.1|AW596116
EST:     CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|193396633|gb|FK364543.1|FK364543
EST:     AGGTTCAAACCGGAGC-AAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGAT
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGAT
EST: gi|6455203|gb|AW185886.1|AW185886
EST:     AAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTTCTACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: AAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|4396770|gb|AI495767.1|AI495767
EST:     CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|4437017|gb|AI522882.1|AI522882
EST:     CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|207831080|gb|GD801974.1|GD801974
EST:     CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|120497212|gb|EH225379.1|EH225379
EST:     TTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: TTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|23726129|gb|BU761046.1|BU761046
EST:     CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: CTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
EST: gi|11273900|gb|BF324289.1|BF324289
EST:     AGGTTCAAACCGGAGCNNNNNNNCTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAG                         GATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA
genomic: AGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaa ... tttttcatagGATCCACGAGAGGAAGTCCTTCAAGCATGGTACATGGATGATAGTGATGAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGGTTGCAAAAATCCGATCAGAAGACAGGTTCAAACCGGAGCAAAAAAACTTGTTACGATGGTTTCTTCCGACAAGgtattattaatccaactctcttgtttgtttcctgtgacaaactttttctctcttttcctttgttaatcagcaaattctaccttttaccttaaagatatta

- - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA