1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
TTTTAGGGCACACACCGCAGCTTTAAGCTCAGGGAAACGTTTTATTTCACACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctctctctttctctctctctctcacacacacagaaattagggttttccccaattcaatttgactattgaaaacccttaattccccacagcaga...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G38350.2 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|17023174|gb|BM094208.1|BM094208
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|298169366|gb|HO020726.1|HO020726
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGTCCGAGATTGAGEST: gi|31457537|gb|CD399565.1|CD399565
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: TTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGAAATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|192303951|gb|FG993837.1|FG993837
genomic: TTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|298187689|gb|HO031646.1|HO031646
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|26045616|gb|CA783150.1|CA783150
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|298165196|gb|HO011245.1|HO011245
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|24135619|gb|BU926129.1|BU926129
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|192316457|gb|FK008190.1|FK008190
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|151407894|gb|EV277709.1|EV277709
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|14258684|gb|BG881592.1|BG881592
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|19934747|gb|BQ079777.1|BQ079777
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|18039503|gb|BM307797.1|BM307797
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|192295900|gb|FG990910.1|FG990910
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|298192149|gb|HO036231.1|HO036231
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|16347285|gb|BI972880.1|BI972880
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|15814904|gb|BI787179.1|BI787179
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|254315322|gb|GR825131.1|GR825131
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|151403366|gb|EV273176.1|EV273176
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|298196458|gb|HO041201.1|HO041201
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGGGAGGTGCEST: gi|7042283|gb|AW472177.1|AW472177
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGGAAGGTGC
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|298199496|gb|HO042859.1|HO042859
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|298181130|gb|HO022569.1|HO022569
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|298197722|gb|HO045201.1|HO045201
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|298179996|gb|HO025211.1|HO025211
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|298198238|gb|HO039777.1|HO039777
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|19935890|gb|BQ080630.1|BQ080630
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|298168737|gb|HO009667.1|HO009667
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAGEST: gi|298183107|gb|HO028370.1|HO028370
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
EST: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGG GTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
genomic: ACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctc ... ggtggtgcagGTACGAGGATGAGCCACCAGAGCCCGAGATTGAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTTTAGGGCACACACCGCAGCTTTAAGCTCAGGGAAACGTTTTATTTCACACTCTGCGATTCGCGATGGCCGACGATGACTATGAGGATATCGACATGGGgttcgttctctctctttctctctctctctcacacacacagaaattagggttttccccaattcaatttgactattgaaaacccttaattccccacagcaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctctctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttcccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tccccac