Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGTCACCGAGGACGACCTCAAGGCCTACGACGGCACCGATCCCGAGAAGCCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttattcatcatagctttaattgaaccaactcagcataacaaaacacccctttttgtttttatttttttattttttttgagttttgttctttttg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G25940.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G25940.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os10g35870.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
AGGTCACCGAGGACGACCTCAAGGCCTACGACGGCACCGATCCCGAGAAGCCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttattcatcatagctttaattgaaccaactcagcataacaaaacacccctttt-tgtttttatttttttattttttttgagttttgttctttttg-
||||| ||||||| || |||      ||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||   |||  | | | |  |   |||   | |   |   | |     | | |     |  || |||   |||   |  |  ||  |  ||| | || |    
AGGTCTCCGAGGAGGAGCTCCGCCAGTACGACGGGTCCGATCCCAAGAAGCCCCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGACGTCACGCAGAGCAGgtcc-gttcctta-cgtctccgaaatcatatccttttttcctttgtgatcgctgtgatgatgctttcgatttgggaggtggttgcatgtttctactgtagtc

upper sequence: GLYMA09G25940.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os02g42740.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
AGGTCACCGAGGACGACCTCAAGGCCTACGACGGCACCGATCCCGAGAAGCCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttattcatcatagctttaat--tgaaccaactcagcataacaaaacacccctttttgtttttat----ttttttattttttttgagttttgttctttttg-----------------------------------------------
|||| || ||||| || || | || |||||||||  |||| ||| | ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||  | |||||||||||   ||  |  ||||  |||   |   | |  || ||       | ||||   | ||| |    | ||     |   |||     |||    |   |   | |                                                
AGGTGACGGAGGAGGAGCTGAGGGTCTACGACGGGTCCGACCCCAACAAGCCGCTGCTCATGGCCATCAAGGGCCAAATCTACGATGTCACGCAGAGCAGgtaggcttcct--tcatttcttgggtaccgtaaaaattcgat----cgaaactttcttttcttggatcatggcactacctatgaccattgcaaatcactagctctagctgcaaaatgttcgtccatatttcatctttcatctccgttttgcag

upper sequence: GLYMA09G25940.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G107444_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
AGGTCACCGAGGACGACCTCAAGGCCTACGACGGCACCGATCCCGAGAAGCCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttatt-catcatagctttaattgaaccaact--cagcat-aacaaaacacccctttttgtttttatttttttattttttttgagttttgttctttttg
||||| | ||||| || ||||     ||||||||| |||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||| |  |  || ||  | | |  ||| | | |   ||  |  ||| ||   | |||   ||  || ||  ||||| ||    |       || |    |     
AGGTCTCAGAGGAGGAGCTCAGCCAGTACGACGGCTCCGACCCTAAGAAGCCGCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTACGACGTCACCCAGAGCAGgtctgttctttgcactaaaacactaacttacctccctgtcttcatgaatcgatcactgtttagtgattaaattttgttgcgctggcctgattctaccata----

upper sequence: GLYMA09G25940.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM5G882228_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1
AGGTCACCGAGGACGACCTCAAGGCCTACGACGGCACCGATCCCGAGAAGCCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttatt-catcatagctttaattgaaccaactcagcataacaaaacacccctttt--tgtttttatttttttattttttttgagttttgttctttttg
||||| ||||||| ||||||      ||||||||| |||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||| |  |  || || || | |   | ||   ||   |   |||      |      |  |  || |   ||||| ||    |       || | |  ||    
AGGTCTCCGAGGAGGACCTCCGCCAGTACGACGGCTCCGACCCTAAGAAGCCGCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTACGACGTCACCCAGAGCAGgtctgttccttgcaccaaaaccaaacttaccccctgttttcatggattgatggttgtcctagtgatcagattttgttgcggtggcccgattctatcgttc---

upper sequence: GLYMA09G25940.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: EFJ25427 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 1
AGGTCACCGAGGACGACCTCAAGGCCTACGACGGCACCGATCCCGAGAAGCCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtata-gttattcatcatagctttaattgaaccaactcagcataacaaaacacccctttttgtttttatttttttattttttttgagttttgttctttttg
||||||| || || || ||||  |||||||| ||||  |||  |   ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| || |||  |  |||||| | |  |||| ||     ||   |||  |||     |  | |           |||  |                                       
AGGTCACGGAAGAGGAGCTCAGCGCCTACGATGGCAAGGATGACTCCAAGCCGCTGCTCATGGCCATCAAGGGCCAAATCTATGACGTCTCCATGTCCAGgtagaagagattcttccccatttcgtttgtgcca--ctggtgtgatctttgggagatttcag---------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9259361|gb|BE347508.1|BE347508
EST:     CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAG-ATGC
genomic: CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|193532404|gb|FK489690.1|FK489690
EST:     CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|298181043|gb|HO022482.1|HO022482
EST:     CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATACTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|26049067|gb|CA785520.1|CA785520
EST:     CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|26057095|gb|CA800009.1|CA800009
EST:     CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|9203907|gb|BE330131.1|BE330131
EST:     CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|58021071|gb|CX707813.1|CX707813
EST:     CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|208320139|gb|GE122896.1|GE122896
EST:     TTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: TTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|23728282|gb|BU762188.1|BU762188
EST:     CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|298165220|gb|HO011269.1|HO011269
EST:     CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|19348773|gb|BM893305.1|BM893305
EST:     CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|58017845|gb|CX704587.1|CX704587
EST:     CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|23729474|gb|BU762828.1|BU762828
EST:     CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|21256479|gb|BQ453367.1|BQ453367
EST:     CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|6482450|gb|AW201709.1|AW201709
EST:     CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|19452742|gb|BM954152.1|BM954152
EST:     CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|208083171|gb|GD879201.1|GD879201
EST:     TTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: TTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|15664368|gb|BI701739.1|BI701739
EST:     CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|213610941|gb|DB963229.1|DB963229
EST:     CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|10847669|gb|BF070316.1|BF070316
EST:     CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|9899055|gb|BE608023.1|BE608023
EST:     CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
EST: gi|15001009|gb|BI321823.1|BI321823
EST:     CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAG                         AATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC
genomic: CCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttat ... gccctaccagAATGTTTTATGGACCTGGTGGACCCTATGCTCTATTTGCTGGCAAGGATGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGGTCACCGAGGACGACCTCAAGGCCTACGACGGCACCGATCCCGAGAAGCCTCTCCTCATGGCCATCAAGGGCCAGATCTATGATGTTTCCCAGAGCAGgtatagttattcatcatagctttaattgaaccaactcagcataacaaaacacccctttttgtttttatttttttattttttttgagttttgttctttttg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cacccct