Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTTCTTTTTTCTTATTAATCTCTTGTTTTCCCTCTCGCCCATTTCATCGATTCTTGATATTGATAGATAGAGAGACAGCATTGCTTGAAGTTGGAAGAGgtaattgctctctcacttggtggtttttttgttcataattgttttgattggtggtagataaagtttatatttttgtgacaatttgatcagtgggtagtggaattttttttaattttttttgtgacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G45210.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|27426178|gb|CA937698.1|CA937698
EST:     ATTCTTGATATTGATAGATAGAGAGACAGCATTGCTTGAAGTTGGAAGAG                         GGGAGAAAGATTTGGAAATGGCTGCTAAAGTAGATGCTAATGGTGGTGGTG
genomic: ATTCTTGATATTGATAGATAGAGAGACAGCATTGCTTGAAGTTGGAAGAGgtaattgctc ... tttgtgacagGGGAGAAAGATTTGGAAATGGCTGCTAAAGTAGATGCTAATGGTGGTGGTG
EST: gi|209724046|gb|BW679971.1|BW679971
EST:     ATTCTTGATATTGATAGATAGAGAGACAGCATTGCTTGAAGTTGGAAGAG                         GGGAGAAAGATTTGGAAATGGCTGCTAAAGTAGATGCTAATGGTGGTGGTG
genomic: ATTCTTGATATTGATAGATAGAGAGACAGCATTGCTTGAAGTTGGAAGAGgtaattgctc ... tttgtgacagGGGAGAAAGATTTGGAAATGGCTGCTAAAGTAGATGCTAATGGTGGTGGTG
EST: gi|193553782|gb|FK509089.1|FK509089
EST:     CATTGCTTGAAGTTGGAAGAG                         GGGAGAAAGATTTGGAAATGGCTGCTAAAGTAGATGCTAATGGTGGTGGTG
genomic: CATTGCTTGAAGTTGGAAGAGgtaattgctc ... tttgtgacagGGGAGAAAGATTTGGAAATGGCTGCTAAAGTAGATGCTAATGGTGGTGGTG
EST: gi|213599133|gb|DB958380.1|DB958380
EST:     ATTCTTGATATTGATAGATAGAGAGACAGCATTGCTTGAAGTTGGAAGAG                         GGGAGAAAGATTTGGAAATGGCTGCTAAAGTAGATGCTAATGGTGGTGGTG
genomic: ATTCTTGATATTGATAGATAGAGAGACAGCATTGCTTGAAGTTGGAAGAGgtaattgctc ... tttgtgacagGGGAGAAAGATTTGGAAATGGCTGCTAAAGTAGATGCTAATGGTGGTGGTG
EST: gi|213617054|gb|DB961534.1|DB961534
EST:     ATTCTTGATATTGATAGATAGAGAGACAGCATTGCTTGAAGTTGGAAGAG                         GGGAGAAAGATTTGGAAATGGCTGCTAAAGTAGATGCTAATGGTGGTGGTG
genomic: ATTCTTGATATTGATAGATAGAGAGACAGCATTGCTTGAAGTTGGAAGAGgtaattgctc ... tttgtgacagGGGAGAAAGATTTGGAAATGGCTGCTAAAGTAGATGCTAATGGTGGTGGTG
EST: gi|213596697|gb|DB958017.1|DB958017
EST:     ATTCTTGATATTGATAGATAGAGAGACAGCATTGCTTGAAGTTCGAAGAG                         GGGAGAAAGATTTGGAAATGGCTGCTAAAGTAGATGCTAATGGTGGTGGTG
genomic: ATTCTTGATATTGATAGATAGAGAGACAGCATTGCTTGAAGTTGGAAGAGgtaattgctc ... tttgtgacagGGGAGAAAGATTTGGAAATGGCTGCTAAAGTAGATGCTAATGGTGGTGGTG
EST: gi|213601502|gb|DB956752.1|DB956752
EST:     ATTCTTGATATTGATAGATAGAGAGACAGCATTGCTTGAAGTTGGAAGAG                         GGGAGAAAGATTTGGAAATGGCTGCTAAAGTAGATGCTAATGGTGGTGGTG
genomic: ATTCTTGATATTGATAGATAGAGAGACAGCATTGCTTGAAGTTGGAAGAGgtaattgctc ... tttgtgacagGGGAGAAAGATTTGGAAATGGCTGCTAAAGTAGATGCTAATGGTGGTGGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTTTCTTTTTTCTTATTAATCTCTTGTTTTCCCTCTCGCCCATTTCATCGATTCTTGATATTGATAGATAGAGAGACAGCATTGCTTGAAGTTGGAAGAGgtaattgctctctcacttggtggtttttttgttcataattgttttgattggtggtagataaagtttatatttttgtgacaatttgatcagtgggtagtggaattttttttaattttttttgtgacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA