Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTTTAATTCATTCCGCTGCGTTTCTTTCTCTGCACTTCAAAGTTCAAACCCTAGCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAGgtccgtccgtgacggtgactttatccctccccctctctctatttatcatgatcgaaactcattaacccacttgcttgcgtttttcattattctcttatta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G39880.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|17021922|gb|BM092956.1|BM092956
EST:     GCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAG                         GTTTATGGGCTACGCTGATGTCCTGAATTTGTTGTTGGCCGTGGTGGTTTG
genomic: GCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAGgtccgtccgt ... taatgttcagGTTTATGGGCTACGCTGATGTCCTGAATTTGTTGTTGGCCGTGGTGGTTTG
EST: gi|192299207|gb|FG988665.1|FG988665
EST:     CCTAGCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAG                         GTTTATGGGCTACGCTGATGTCCTGAATTTGTTGTTGGCCGTGGTGGTTTG
genomic: CCTAGCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAGgtccgtccgt ... taatgttcagGTTTATGGGCTACGCTGATGTCCTGAATTTGTTGTTGGCCGTGGTGGTTTG
EST: gi|209724731|gb|BW651474.1|BW651474
EST:     CCTAGCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAG                         GTTTATGGGCTACGCTGATGTCCTGAATTTGTTGTTGGCCGTGGTGGTTTG
genomic: CCTAGCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAGgtccgtccgt ... taatgttcagGTTTATGGGCTACGCTGATGTCCTGAATTTGTTGTTGGCCGTGGTGGTTTG
EST: gi|209716787|gb|BW665465.1|BW665465
EST:     CCTAGCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAG                         GTTTATGGGCTACGCTGATGTCCTGAATTTGTTGTTGGCCGTGGTGGTTTG
genomic: CCTAGCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAGgtccgtccgt ... taatgttcagGTTTATGGGCTACGCTGATGTCCTGAATTTGTTGTTGGCCGTGGTGGTTTG
EST: gi|298191853|gb|HO035935.1|HO035935
EST:     CCTAGCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAG                         GTTTATGGGCTACGCTGATGTCCTGAATTTGTTGTTGGCCGTGGTGGTTTG
genomic: CCTAGCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAGgtccgtccgt ... taatgttcagGTTTATGGGCTACGCTGATGTCCTGAATTTGTTGTTGGCCGTGGTGGTTTG
EST: gi|193636089|gb|FK581270.1|FK581270
EST:     CCTAGCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAG                         GTTTATGGGCTACGCTGATGTCCTGAATTTGTTGTTGGCCGTGG-GGTTTG
genomic: CCTAGCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAGgtccgtccgt ... taatgttcagGTTTATGGGCTACGCTGATGTCCTGAATTTGTTGTTGGCCGTGGTGGTTTG
EST: gi|192306145|gb|FG996577.1|FG996577
EST:     CCTAGCGAAGCACCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAG                         GTTTATGGGCTACGCTGATGTCCTGAATTTGTTGTTGGCCGTGGTGGTTTG
genomic: CCTAGCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAGgtccgtccgt ... taatgttcagGTTTATGGGCTACGCTGATGTCCTGAATTTGTTGTTGGCCGTGGTGGTTTG
EST: gi|192297923|gb|FG993202.1|FG993202
EST:     CCTAGCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAG                         GTTTATGGGCTACGCTGATGTCCTGAATTTGTTGTTGGCCGTGGTGGTTTG
genomic: CCTAGCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAGgtccgtccgt ... taatgttcagGTTTATGGGCTACGCTGATGTCCTGAATTTGTTGTTGGCCGTGGTGGTTTG
EST: gi|209704469|gb|BW680625.1|BW680625
EST:     CCTAGCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAG                         GTTTATGGGCTACGCTGATGTCCTGAATTTGTTGTTGGCCGTGGTGGTTTG
genomic: CCTAGCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAGgtccgtccgt ... taatgttcagGTTTATGGGCTACGCTGATGTCCTGAATTTGTTGTTGGCCGTGGTGGTTTG
EST: gi|298190764|gb|HO032885.1|HO032885
EST:     CCTAGCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAG                         GTTTATGGGCTACGCTGATGTCCTGAATTTGTTGTTGGCCGTGGTGGTTTG
genomic: CCTAGCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAGgtccgtccgt ... taatgttcagGTTTATGGGCTACGCTGATGTCCTGAATTTGTTGTTGGCCGTGGTGGTTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTTTTAATTCATTCCGCTGCGTTTCTTTCTCTGCACTTCAAAGTTCAAACCCTAGCGAAGCATCCACTGTCGCCGTCGCACACTCGCACGCCGCTCACAGgtccgtccgtgacggtgactttatccctccccctctctctatttatcatgatcgaaactcattaacccacttgcttgcgtttttcattattctcttatta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctccccc