Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGAATGTGTTCTTGGTGGGAACGGGACCTGGGGACCCTGAGCTTCTCACTCTCAAGGCTGTGAGAGTCATCAAGAGTGCTGATCTTTTGCTCTATGACAGgttttttttcttttcttttttcttattatccgccaatgttagtaattagtatgatgagaaaaattgttatgcacccaaagtgtatggtaactttgtttac...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G16030.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208298465|gb|GE094114.1|GE094114
EST:     CTCAAGGCTGTGAGAGTCATCAAGAGTGCTGATCTTTTGCTCTATGACAG                         GTTGGTGTCCAATGATGTGCTGGATTTGGTTGGCCCCGGTGCTAGGCTTCT
genomic: CTCAAGGCTGTGAGAGTCATCAAGAGTGCTGATCTTTTGCTCTATGACAGgttttttttc ... tctatgacagGTTGGTGTCCAATGATGTGCTGGATTTGGTTGGCCCCGGTGCTAGGCTTCT
EST: gi|213602559|gb|DB968869.1|DB968869
EST:     CTCAAGGCTGTGAGAGTCATCAAGAGTGCTGATCTTTTGCTCTATGACAG                         GTTGGTGTCCAATGATGTGCTGGATTTGGTTGGCCCCGGTGCTAGGCTTCT
genomic: CTCAAGGCTGTGAGAGTCATCAAGAGTGCTGATCTTTTGCTCTATGACAGgttttttttc ... tctatgacagGTTGGTGTCCAATGATGTGCTGGATTTGGTTGGCCCCGGTGCTAGGCTTCT
EST: gi|14259563|gb|BG882471.1|BG882471
EST:     CTCAAGGCTGTGAGAGTCATCAAGAGTGCTGATCTTTTGCTCTATGACAG                         GTTGGTGTCCAATGATGTGCTGGATTTGGTTGGCCCCGGTGCTAGGCTTCT
genomic: CTCAAGGCTGTGAGAGTCATCAAGAGTGCTGATCTTTTGCTCTATGACAGgttttttttc ... tctatgacagGTTGGTGTCCAATGATGTGCTGGATTTGGTTGGCCCCGGTGCTAGGCTTCT
EST: gi|209698566|gb|BW652419.1|BW652419
EST:     CTCAAGGCTGTGAGAGTCATCAAGAGTGCTGATCTTTTGCTCTATGACAG                         GTTGGTGTCCAATGATGTGCTGGATTTGGTTGGCCCCGGTGCTAGGCTTCT
genomic: CTCAAGGCTGTGAGAGTCATCAAGAGTGCTGATCTTTTGCTCTATGACAGgttttttttc ... tctatgacagGTTGGTGTCCAATGATGTGCTGGATTTGGTTGGCCCCGGTGCTAGGCTTCT
EST: gi|209697322|gb|BW655563.1|BW655563
EST:     CTCAAGGCTGTGAGAGTCATCAAGAGTGCTGATCTTTTGCTCTATGACAG                         GTTGGTGTCCAATGATGTGCTGGATTTGGTTGGCCCCGGTGCTAGGCTTCT
genomic: CTCAAGGCTGTGAGAGTCATCAAGAGTGCTGATCTTTTGCTCTATGACAGgttttttttc ... tctatgacagGTTGGTGTCCAATGATGTGCTGGATTTGGTTGGCCCCGGTGCTAGGCTTCT
EST: gi|192326902|gb|FK015144.1|FK015144
EST:     CTCAAGGCTGTGAGAGTCATCAAGAGTGCTGATCTTTTGCTCTATGACAG                         GTTGGTGTCCAATGATGTGCTGGATTTGGTTGGCCCCGGTGCTAGGCTTCT
genomic: CTCAAGGCTGTGAGAGTCATCAAGAGTGCTGATCTTTTGCTCTATGACAGgttttttttc ... tctatgacagGTTGGTGTCCAATGATGTGCTGGATTTGGTTGGCCCCGGTGCTAGGCTTCT
EST: gi|254336247|gb|GR842426.1|GR842426
EST:     CTCAAGGCTGTGAGAGTCATCAAGAGTGCTGATCTTTTGCTCTATGACAG                         GTTGGTGTCCAATGATGTGCTGGATTTGGTTGGCCCCGGTGCTAGGCTTCT
genomic: CTCAAGGCTGTGAGAGTCATCAAGAGTGCTGATCTTTTGCTCTATGACAGgttttttttc ... tctatgacagGTTGGTGTCCAATGATGTGCTGGATTTGGTTGGCCCCGGTGCTAGGCTTCT
EST: gi|213616527|gb|DB967177.1|DB967177
EST:     CTCAAGGCTGTGAGAGTCATCAAGAGTGCTGATCTTTTGCTCTATGACAG                         GTTGGTGTCCAATGATGTGCTGGATTTGGTTGGCCCCGGTGCTAGGCTTCT
genomic: CTCAAGGCTGTGAGAGTCATCAAGAGTGCTGATCTTTTGCTCTATGACAGgttttttttc ... tctatgacagGTTGGTGTCCAATGATGTGCTGGATTTGGTTGGCCCCGGTGCTAGGCTTCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGAATGTGTTCTTGGTGGGAACGGGACCTGGGGACCCTGAGCTTCTCACTCTCAAGGCTGTGAGAGTCATCAAGAGTGCTGATCTTTTGCTCTATGACAGgttttttttcttttcttttttcttattatccgccaatgttagtaattagtatgatgagaaaaattgttatgcacccaaagtgtatggtaactttgtttac

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gagaaaaa