1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GAGGAGAGAGAAAGTAGCTGATCCTCCATGGCCTCCACCAAGGAACGCGAAAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaataataataatccattctcttcatttccatgttgagatttgagagtcaccacactgtgctgacctagatgtttaattagataatcgcctttt...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G12220.5 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACGAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|298163055|gb|HO011788.1|HO011788
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGGATTGACGGEST: gi|298170594|gb|HO019218.1|HO019218
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTGTGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|23058349|gb|BU578308.1|BU578308
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|298194812|gb|HO043284.1|HO043284
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|209698244|gb|BW667547.1|BW667547
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|193333907|gb|FK301295.1|FK301295
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|11273769|gb|BF324164.1|BF324164
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|298195876|gb|HO044267.1|HO044267
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|193365435|gb|FK332306.1|FK332306
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|209702638|gb|BW652733.1|BW652733
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|298177315|gb|HO027096.1|HO027096
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACGAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|298165318|gb|HO011367.1|HO011367
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAGGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|207776355|gb|GD750348.1|GD750348
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|298180771|gb|HO022210.1|HO022210
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|207768046|gb|GD739842.1|GD739842
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: CCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|9819560|gb|BE555073.1|BE555073
genomic: CCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|208140916|gb|GD935258.1|GD935258
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|15201076|gb|BI424680.1|BI424680
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|37994791|gb|CF806380.1|CF806380
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|298178152|gb|HO027535.1|HO027535
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|207750106|gb|GD726060.1|GD726060
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|298197425|gb|HO044904.1|HO044904
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAGGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|151393532|gb|EV263407.1|EV263407
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTGTGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|31560979|gb|CD486817.1|CD486817
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|193605269|gb|FK558571.1|FK558571
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGEST: gi|298174010|gb|HO017346.1|HO017346
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|193303870|gb|FK273540.1|FK273540
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|192305213|gb|FG993965.1|FG993965
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|192297914|gb|FG988370.1|FG988370
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|298194634|gb|HO043106.1|HO043106
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|207829711|gb|GD803209.1|GD803209
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|298194423|gb|HO041071.1|HO041071
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGGEST: gi|4287554|gb|AI441206.1|AI441206
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
EST: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAG AAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
genomic: AAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaat ... ttgtggttagAAATGGTGGAAGCAATGAAGAATGTGGCGAAGCTGAACGTGGAATTGACGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAGGAGAGAGAAAGTAGCTGATCCTCCATGGCCTCCACCAAGGAACGCGAAAACTTTGTCTACACCGCCAAGCTCGCCGAACAAGCCGAACGCTATGAAGgtatattaataataataatccattctcttcatttccatgttgagatttgagagtcaccacactgtgctgacctagatgtttaattagataatcgcctttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT