Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACTTATGTGGTGCCAAAGAGAGGGAATTATATGGTTAGTGTTGAGTGTAATGGGAGGCCTATCATGGGGAGTCCCTTTCCTGTGTTTTTCAGTGCAGCAGgtactacatcatgaccaaaccctatgctttacagtttttgcttgaatgtaatatatgtattgcctcaatgtggttttgagttgttcttggtttggttagt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G11590.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G11590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: AT3G23900.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 1
---ACTTATGTGGTGCCAAAGAGAGGGAATTATATGGTTAGTGTTGAGTGTAATGGGAGGCCTATCATGGGGAGTCCCTTTCCTGTGTTTTTCAGTGCAGCAGgtactacatcatgaccaaaccctatgctttacagtttttgcttgaatgtaatatatgtattgcctcaatgtggttttgagttgttcttggtttggttagt
|||||||| ||||| |||||||| || |||||||||| | |||| || ||||||| |||||||||| |||||||||||||| || || || || ||||| | ||| | | | || || | | |||| || | | | | | || || | ||| || || | | ||| |
GTTACTTATGTTGTGCCTAAGAGAGGAAACTATATGGTTAATATTGAATGCAATGGGAATGCTATCATGGGAAGTCCCTTTCCTGTCTTCTTTAGC-CA--AGgtaatgaatctt-atcgtttccattgatgtttcgtttatgtatataggctttgtttg-atggtaaaggtgttgtctttatggaattttgtaacag-----

upper sequence: GLYMA08G11590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: Vv04s0159g00030.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
---ACTTATGTGGTGCCAAAGAGAGGGAATTATATGGTTAGTGTTGAGTGTAATGGGAGGCCTATCATGGGGAGTCCCTTTCCTGTGTTTTTCAGTGCAG-----CAGgtactacatcatgaccaaaccctatgctttacagtttttgcttgaatgtaatatatgtattgcctcaatgtggttt--tgagttgttcttggtttggttagt
|| ||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||| || | ||| || ||||| ||||||||||| || || |||||||||| || | || | | | | | || ||| | || || ||| || |||| || | || | | || || | | | | ||
GTCACATATGTAGTGTCCAAGAGAGGGAATTATATGGTACACGTTGAGTGTAACGGCAAGCCCATTATGGGTAGTCCCTTTCCAGTTTTCTTCAGTGCAGgttcacaaattct-cccctttattgataattacacttgg--gcagatgtttaaat-caacatataggttacttctttattaattgctgggccaatgtgtgcatg------