Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACTTATGTGGTGCCAAAGAGAGGGAATTATATGGTTAGTGTTGAGTGTAATGGGAGGCCTATCATGGGGAGTCCCTTTCCTGTGTTTTTCAGTGCAGCAGgtactacatcatgaccaaaccctatgctttacagtttttgcttgaatgtaatatatgtattgcctcaatgtggttttgagttgttcttggtttggttagt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G11590.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G11590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: AT3G23900.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 1
---ACTTATGTGGTGCCAAAGAGAGGGAATTATATGGTTAGTGTTGAGTGTAATGGGAGGCCTATCATGGGGAGTCCCTTTCCTGTGTTTTTCAGTGCAGCAGgtactacatcatgaccaaaccctatgctttacagtttttgcttgaatgtaatatatgtattgcctcaatgtggttttgagttgttcttggtttggttagt
   |||||||| ||||| |||||||| || |||||||||| | |||| || |||||||   |||||||||| |||||||||||||| || || ||  ||  ||||| |  ||| | | |    ||  || | |   |||| ||  |  | |   | | || || |      ||| || || |     | |||     |     
GTTACTTATGTTGTGCCTAAGAGAGGAAACTATATGGTTAATATTGAATGCAATGGGAATGCTATCATGGGAAGTCCCTTTCCTGTCTTCTTTAGC-CA--AGgtaatgaatctt-atcgtttccattgatgtttcgtttatgtatataggctttgtttg-atggtaaaggtgttgtctttatggaattttgtaacag-----

upper sequence: GLYMA08G11590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: Vv04s0159g00030.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
---ACTTATGTGGTGCCAAAGAGAGGGAATTATATGGTTAGTGTTGAGTGTAATGGGAGGCCTATCATGGGGAGTCCCTTTCCTGTGTTTTTCAGTGCAG-----CAGgtactacatcatgaccaaaccctatgctttacagtttttgcttgaatgtaatatatgtattgcctcaatgtggttt--tgagttgttcttggtttggttagt
   || ||||| ||| | ||||||||||||||||||||    ||||||||||| || | ||| || ||||| ||||||||||| || || ||||||||||     ||  | || |  | | |   |    ||  |||    |    || || |||  || ||||   || | ||  | |   ||  || |    | |  |  ||      
GTCACATATGTAGTGTCCAAGAGAGGGAATTATATGGTACACGTTGAGTGTAACGGCAAGCCCATTATGGGTAGTCCCTTTCCAGTTTTCTTCAGTGCAGgttcacaaattct-cccctttattgataattacacttgg--gcagatgtttaaat-caacatataggttacttctttattaattgctgggccaatgtgtgcatg------