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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCACTACTCTCGGCCCCCAAAATTTGTGCTTTTCTCTTTTTCCCATCGATCGTGTTTCTCGCTAATTTGCGTCTTCCTTCGTTTCCAAGTCAGCGTTAAGgtacgattgcttttcgattcccttcaatttttcatgtttctaaccgaacaaaattgggatcggtgttgcggttttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G03600.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207822352|gb|GD796149.1|GD796149
EST:     CGTGTTTCTCGCTAATTTGCGTCTTCCTTCGTTTCCAAGTCAGCGTTAAG                         GGTTTAGTTTGGTGCGTGCCATGAAGATCGAGGAATTGGACGATGGAGAGT
genomic: CGTGTTTCTCGCTAATTTGCGTCTTCCTTCGTTTCCAAGTCAGCGTTAAGgtacgattgc ... gcggttttagGGTTTAGTTTGGTGCGTGCGATGAAGATCGAGGAATTGGACGATGGAGAGT
EST: gi|9564058|gb|BE473567.1|BE473567
EST:     GTTTCTCGCTAATTTGCGTCTTCCTTCGTTTCCAAGTCAGCGTTAAG                         GGTTTAGTTTGGTGCGTGCGATGAAGATCGAGGAATTGGACGATGGAGAGT
genomic: GTTTCTCGCTAATTTGCGTCTTCCTTCGTTTCCAAGTCAGCGTTAAGgtacgattgc ... gcggttttagGGTTTAGTTTGGTGCGTGCGATGAAGATCGAGGAATTGGACGATGGAGAGT
EST: gi|6455181|gb|AW185864.1|AW185864
EST:     TCGTTTCCAAGTCAGCGTTAAG                         GGTTTAGTTTGGTGCGTGCGATGAAGATCGAGGAATTGGACGATGGAGAGT
genomic: TCGTTTCCAAGTCAGCGTTAAGgtacgattgc ... gcggttttagGGTTTAGTTTGGTGCGTGCGATGAAGATCGAGGAATTGGACGATGGAGAGT
EST: gi|7589646|gb|AW705416.1|AW705416
EST:     CGCTAATTTGCGTCTTCCTTCGTTTCCAAGTCAGCGTTAAG                         GGTTTAGTTTGGTGCGTGCGATGAAGATCGAGGAATTGGACGATGGAGAGT
genomic: CGCTAATTTGCGTCTTCCTTCGTTTCCAAGTCAGCGTTAAGgtacgattgc ... gcggttttagGGTTTAGTTTGGTGCGTGCGATGAAGATCGAGGAATTGGACGATGGAGAGT
EST: gi|213598064|gb|DB972252.1|DB972252
EST:     CGTGTTTCTCGCTAATTTGCGTCTTCCTTCGTTTCCAAGTCAGCGTTAAG                         GGTTTAGTTTGGTGCGTGCGATGAAGATCGAGGAATTGGACGATGGAGAGT
genomic: CGTGTTTCTCGCTAATTTGCGTCTTCCTTCGTTTCCAAGTCAGCGTTAAGgtacgattgc ... gcggttttagGGTTTAGTTTGGTGCGTGCGATGAAGATCGAGGAATTGGACGATGGAGAGT