Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCGGATCTTCAAAATCCACAAGGAGATCTTGATGGGAAAGCATGTGCAGCTGTTGGGCAGAGTAGTCTCATGGCTCTCTATGATCTCATGTTTAGTCAGgtgcacactaaattaagttgcacattcaattcaatatgtccctaatcttaaatttctatgttttgccacacaatacattaacacgtgttttattaatcaaatttgtatgtttcctctatattgatggtaatatgtcatttgcctggtgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G16510.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G16510.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: Vv08s0007g01060.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
TTCGGATCTTCAAAATCCACAAGGAGATCTTGATGGGAAAGCATGTGCAGCTGTTGGGCAGAGTAGTCTCATGGCTCTCTATGATCTCATGTTTAGTCAGgtgcacactaa---attaagttgcacattcaattcaatatgtccctaatcttaaatttctatgttttgccacacaatacattaacacgtgtttt-attaatcaaatttgtatgtttcctctatattgatggtaatatgtcatttgcctggtgcag--------------------------------------
    ||||| || || || |||   || ||||||   ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||    | || || |||||| | | |||   ||| | |  | |||||  |  ||||||    |    |  ||  | ||| | | ||  ||  |   |   |    ||  |  | ||| | | ||   |  ||||   |  |||      |    ||   |    ||||  |                                       
GGATGATCTCCAGAAACCGCAAATTGAGCTTGATTCAAAAGCTTGTGCAGCTGTCGGACAGAGTAGTCTCATGGCTCTGTATGATACTTTATTCAGCCAGgtgaaaaataatctatttactatcgcattc--tggaatatggaattgcattagaacatttat-tatggcttcagtacttacctatttatgggtagactaagctagttacca--tttctaatgcattagccccagctggtggctgttgtggttaatttctttgaggtcctaatgaagcagtcgtctttatgcag