Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATGAGAGACTTCAAGAGCTGCAACAAGACCCGCCTGCAGGGGATCAGGGTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaattggaatacaaaagagatcccatgttgttttaacttatagtcaattagtctattcatttttttttatttcttatgttgtttaattattgatggataagtgatttttggattgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G20310.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254315587|gb|GR825396.1|GR825396
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|192296721|gb|FG991289.1|FG991289
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|192306256|gb|FG996856.1|FG996856
EST:     GTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|254314541|gb|GR829534.1|GR829534
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|192323046|gb|FK015232.1|FK015232
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|15662518|gb|BI699889.1|BI699889
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|254317876|gb|GR832044.1|GR832044
EST:     ACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: ACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|254319558|gb|GR829070.1|GR829070
EST:     GATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|7589486|gb|AW705259.1|AW705259
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|254341096|gb|GR854824.1|GR854824
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|192330853|gb|FK023068.1|FK023068
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|17963109|gb|BM269862.1|BM269862
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|254320600|gb|GR827049.1|GR827049
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         T-CTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|254319557|gb|GR829069.1|GR829069
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|15337404|gb|BI498060.1|BI498060
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|254349254|gb|GR860052.1|GR860052
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|7924281|gb|AW830307.1|AW830307
EST:     GGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|254327616|gb|GR840180.1|GR840180
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|254346548|gb|GR856270.1|GR856270
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|209703448|gb|BW676236.1|BW676236
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|16997113|gb|BM086485.1|BM086485
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|192298537|gb|FG988508.1|FG988508
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|254336122|gb|GR841447.1|GR841447
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|192296000|gb|FG989408.1|FG989408
EST:     GATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|37996521|gb|CF808110.1|CF808110
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|254349220|gb|GR860018.1|GR860018
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|254349219|gb|GR860017.1|GR860017
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|17153657|gb|BM143590.1|BM143590
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|20813094|gb|BQ297564.1|BQ297564
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|26058698|gb|CA801612.1|CA801612
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|151408706|gb|EV278514.1|EV278514
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|254314540|gb|GR829533.1|GR829533
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|192305758|gb|FG995714.1|FG995714
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|254339398|gb|GR848115.1|GR848115
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|254315586|gb|GR825395.1|GR825395
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|7233698|gb|AW569042.1|AW569042
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|16997209|gb|BM086581.1|BM086581
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|13791412|gb|BG654003.1|BG654003
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|254341097|gb|GR854825.1|GR854825
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|58018058|gb|CX704800.1|CX704800
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|192305759|gb|FG995715.1|FG995715
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|254322473|gb|GR837887.1|GR837887
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
EST: gi|21257139|gb|BQ454027.1|BQ454027
EST:     GTGCCCCCCAGGATAACAACATAATGCTGTGGAATGCTG-TCATATTTGG                         TCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG
genomic: GTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaa ... tggattgcagTCCTGATGATACTCCATGGGATGGAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGATGAGAGACTTCAAGAGCTGCAACAAGACCCGCCTGCAGGGGATCAGGGTGCCCCCCAAGATAACGACATAATGCAGTGGAATGCTGCTGATTTTTGGgtgagttgaattggaatacaaaagagatcccatgttgttttaacttatagtcaattagtctattcatttttttttatttcttatgttgtttaattattgatggataagtgatttttggattgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT