Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTGGTCACAAAGCACTGAAACTGAATCGTCGGAGAAAGCAACCTCCAGCGATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATATgcaagtgcttcttaattatctcgatttattttatttttttcattaaacaagaaaatggtatatcgtgtattctatgctattttatgtgtgcgcaagtacgcataaatgttcattaatcttcttgggattttaatttgttgatatagagtaaattatggattcctttgacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G15220.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13479206|gb|BG508549.1|BG508549
EST:     GCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCACCAACACCAACATGCATAT                         AAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
genomic: GCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCA--A-CACCAACATGCATATgcaagtgctt ... cctttgacagAAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
EST: gi|120492155|gb|EH220322.1|EH220322
EST:     GATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATAT                         AAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
genomic: GATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATATgcaagtgctt ... cctttgacagAAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
EST: gi|120492275|gb|EH220442.1|EH220442
EST:     GATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATAT                         AAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
genomic: GATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATATgcaagtgctt ... cctttgacagAAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
EST: gi|120492465|gb|EH220632.1|EH220632
EST:     GATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATAT                         AAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
genomic: GATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATATgcaagtgctt ... cctttgacagAAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
EST: gi|23052671|gb|BU577163.1|BU577163
EST:     GATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATAT                         AAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
genomic: GATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATATgcaagtgctt ... cctttgacagAAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
EST: gi|120492087|gb|EH220254.1|EH220254
EST:     GATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATAT                         AAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG
genomic: GATGCAAGTCATGGGTTCGGTGATGCAACCTCCAACACCAACATGCATATgcaagtgctt ... cctttgacagAAAGTGCCAAAATAGTGGGATTAAGGGAAAGAATGCAGAAGTGAGTCAAAG