Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAAGTCATGGCAGACCCATCCTCCTTCTCAACCTCTCGCCAAGGTTGTGCTCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAGgttctccatcttatctattcaaaatccatttttagccctaaattcatttcctaattaatattcgatttcgtatctaagtcggatacctaatcgctcgtta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G03070.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19935508|gb|BQ080469.1|BQ080469
EST:     TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAG                         TTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
genomic: TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAGgttctccatc ... attatgccagTTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
EST: gi|9898659|gb|BE607627.1|BE607627
EST:     TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAG                         TTTACAATGGAGATGGCTAGGCACAGTAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTA
genomic: TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAGgttctccatc ... attatgccagTTTACAATGGAGATGGC-AGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTA
EST: gi|58023918|gb|CX710659.1|CX710659
EST:     TCCCTTGATCCTCTCCACCNTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAG                         TTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
genomic: TCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAGgttctccatc ... attatgccagTTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
EST: gi|19935238|gb|BQ080268.1|BQ080268
EST:     TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAG                         TTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
genomic: TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAGgttctccatc ... attatgccagTTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
EST: gi|192294408|gb|FG987337.1|FG987337
EST:     TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGACCCCTCTGCTGTCCAG                         TTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
genomic: TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAGgttctccatc ... attatgccagTTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
EST: gi|298182572|gb|HO031307.1|HO031307
EST:     TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAG                         TCTACAATGGAGACGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
genomic: TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAGgttctccatc ... attatgccagTTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
EST: gi|19348661|gb|BM893193.1|BM893193
EST:     TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAG                         TTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
genomic: TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAGgttctccatc ... attatgccagTTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
EST: gi|151398032|gb|EV267910.1|EV267910
EST:     TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAG                         TTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
genomic: TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAGgttctccatc ... attatgccagTTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
EST: gi|298193573|gb|HO040221.1|HO040221
EST:     TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAG                         TTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAACATGTCCAAAACTTAT
genomic: TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAGgttctccatc ... attatgccagTTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
EST: gi|213601504|gb|DB970420.1|DB970420
EST:     TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAG                         TTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
genomic: TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAGgttctccatc ... attatgccagTTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
EST: gi|209722481|gb|BW668756.1|BW668756
EST:     TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAG                         TTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
genomic: TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAGgttctccatc ... attatgccagTTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
EST: gi|58024109|gb|CX710850.1|CX710850
EST:     TCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTTTGCTGTCCAG                         TTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
genomic: TCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAGgttctccatc ... attatgccagTTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
EST: gi|298191952|gb|HO036034.1|HO036034
EST:     TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAG                         TTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
genomic: TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAGgttctccatc ... attatgccagTTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
EST: gi|7147539|gb|AW509461.1|AW509461
EST:     TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAG                         TTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
genomic: TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAGgttctccatc ... attatgccagTTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
EST: gi|192300028|gb|FG991846.1|FG991846
EST:     TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGACCCCTCTGCTGTCCAG                         TTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
genomic: TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAGgttctccatc ... attatgccagTTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
EST: gi|298170674|gb|HO019298.1|HO019298
EST:     TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAG                         TTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
genomic: TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAGgttctccatc ... attatgccagTTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
EST: gi|209702688|gb|BW675663.1|BW675663
EST:     TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAG                         TTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
genomic: TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAGgttctccatc ... attatgccagTTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
EST: gi|9564300|gb|BE473809.1|BE473809
EST:     TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAG                         TTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT
genomic: TCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAGgttctccatc ... attatgccagTTTACAATGGAGATGGCAGGCACAGAAGCTGTGAATATGTCCAAAACTTAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TAAGTCATGGCAGACCCATCCTCCTTCTCAACCTCTCGCCAAGGTTGTGCTCTCCCTTGATCCTCTCCACCCTGAAGAAGACGATCCCTCTGCTGTCCAGgttctccatcttatctattcaaaatccatttttagccctaaattcatttcctaattaatattcgatttcgtatctaagtcggatacctaatcgctcgtta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG