Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AACTTGTTCACGAGAACAAGAATGGCACTTATCAGTGGGTTGTCAAGCCCAAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgttctcatgtcctcctccccttaattacccttaattatttgaatttttttccatcttttaatttattgctttgttgatgatatggtttctttgttgtcttgctag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G31450.3
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G31450.2 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: Vv07s0031g00920.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
AACTTGTTCACGAGAACAAGAATGGCACTTATCAGTGGGTTGTCAAGCCCAAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgttctcatgtcctcctccccttaattacccttaattatttgaatttttttccatcttttaatttattgctttgttgatgatatggtttctttgttgtcttgctag
| |||||||| ||||||| ||||||||| || || ||||||||||||||||| || |||||||||||||| |  ||| |  |||||||||| || |||||||| | |  ||  ||  |     ||     ||||  ||||     |||||  ||||     | |   |||| |||  | ||||  |||   |                     
AGCTTGTTCATGAGAACAGGAATGGCACCTACCAATGGGTTGTCAAGCCCAAGACCGTCAAATATGAATTCAGGACCGATGCCCATGTCCCCAAGCTAGGgttggcatcttaacaactgtgtttctttccaattttcctt-----tttga--ttttccatgtttccgaattgatt--tctgtttttgactag---------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208118662|gb|GD918345.1|GD918345
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|120533337|gb|EH261470.1|EH261470
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|208225157|gb|GE022230.1|GE022230
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|208106820|gb|GD902353.1|GD902353
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|19346456|gb|BM891336.1|BM891336
EST:     TTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: TTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|193656395|gb|FK602867.1|FK602867
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGGGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|208284607|gb|GE085099.1|GE085099
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|208045937|gb|GD848171.1|GD848171
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|10845041|gb|BF068230.1|BF068230
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGT
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGT
EST: gi|208159306|gb|GD954257.1|GD954257
EST:     CATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: CATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|193730678|gb|FK663944.1|FK663944
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGGGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|15285158|gb|BI469049.1|BI469049
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|213588844|gb|DB967938.1|DB967938
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|17021895|gb|BM092929.1|BM092929
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|20814880|gb|BQ299358.1|BQ299358
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|207767523|gb|GD739263.1|GD739263
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|193542029|gb|FK494503.1|FK494503
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTC
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTC
EST: gi|208306153|gb|GE104946.1|GE104946
EST:     AAAACTGTCAAATATAAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|207844116|gb|GD815211.1|GD815211
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGT-GGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTG
EST: gi|120533531|gb|EH261664.1|EH261664
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|120529472|gb|EH257606.1|EH257606
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|15338188|gb|BI498852.1|BI498852
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|208161439|gb|GD963893.1|GD963893
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|20813560|gb|BQ298038.1|BQ298038
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|9258309|gb|BE346456.1|BE346456
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAANCNTCACCGGGGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|120495837|gb|EH224004.1|EH224004
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|9258023|gb|BE346146.1|BE346146
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|9259942|gb|BE348089.1|BE348089
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGT
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGT
EST: gi|208130084|gb|GD927689.1|GD927689
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|208192854|gb|GD989247.1|GD989247
EST:     TGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: TGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|207838980|gb|GD813442.1|GD813442
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|10237426|gb|BE806314.1|BE806314
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
EST: gi|208084212|gb|GD880466.1|GD880466
EST:     AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGG                         GGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG
genomic: AAAACTGTCAAATATGAATTTAAAACCAACACCCATGTCCCTAAACTAGGgttagtacgt ... gtcttgctagGGTAATGCTTGTGGGGTGGGGTGGAAACAATGGCTCAACCCTCACCGGTGG