Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACTTATGTGGTGCCTAAGAGAGGGAATTATATGGTCAGTGTTGAGTGTAATGGGAGGCCTATCATGGGGAGCCCATTTCCTGTGTTTTTCAGTGCAGCAGgtactacatatgctttatggtttttgctttttctttttttgaatgtagtgtatgcatttgcctcaaatgtggttgttttgagttgttcttggtttggttt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G28570.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G28570.2 (Glycine max), 5'ss of exon 1
lower sequence: AT3G23900.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 1
---ACTTATGTGGTGCCTAAGAGAGGGAATTATATGGTCAGTGTTGAGTGTAATGGGAGGCCTATCATGGGGAGCCCATTTCCTGTGTTTTTCAGTGCAGCAGgtactacatatgctttatggtttttgctttttctttttttgaatgtagtgtatgcatttgcctcaaatgtggttgttttgagttgttcttggtttggttt
   |||||||| |||||||||||||| || |||||||| | | |||| || |||||||   |||||||||| || || |||||||| || || ||  ||  |||||    ||     |||| ||||    |  |  ||  |||   | ||  |  |   ||||     || |  ||||| || |     | |||     |   
GTTACTTATGTTGTGCCTAAGAGAGGAAACTATATGGTTAATATTGAATGCAATGGGAATGCTATCATGGGAAGTCCCTTTCCTGTCTTCTTTAGC-CA--AGgta----atgaatcttatcgtttccattgatgtttcgtttatgtatataggctttgtttgatggtaaaggtgttgtctttatggaattttgtaacag---