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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTCCAGTCCCGCAAAACGGTTTCTCCATACGCAATTTCTCAACGTCCAAACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTGgtccgtccaactctttctctcgtattttcttatataaataatgcttagtaatttgcttcatttcaaactatcaatcaatgtgttggtaaaatgagtagtgtggccgttgttttgtag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G41210.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7693207|gb|AW761303.1|AW761303
EST:     ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTG                         GAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
genomic: ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTGgtccgtccaa ... tgttttgtagGAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
EST: gi|151403361|gb|EV273171.1|EV273171
EST:     ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTG                         GAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
genomic: ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTGgtccgtccaa ... tgttttgtagGAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
EST: gi|298168884|gb|HO009814.1|HO009814
EST:     ACGCTCGTGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTG                         GAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
genomic: ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTGgtccgtccaa ... tgttttgtagGAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
EST: gi|298190185|gb|HO032306.1|HO032306
EST:     ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTG                         GAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
genomic: ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTGgtccgtccaa ... tgttttgtagGAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
EST: gi|21677030|gb|BQ629381.1|BQ629381
EST:     ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTG                         GAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
genomic: ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTGgtccgtccaa ... tgttttgtagGAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
EST: gi|298169288|gb|HO020648.1|HO020648
EST:     ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTG                         GAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
genomic: ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTGgtccgtccaa ... tgttttgtagGAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
EST: gi|298176429|gb|HO026664.1|HO026664
EST:     ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTG                         GAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
genomic: ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTGgtccgtccaa ... tgttttgtagGAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
EST: gi|298197933|gb|HO039472.1|HO039472
EST:     ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTG                         GAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
genomic: ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTGgtccgtccaa ... tgttttgtagGAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
EST: gi|23051927|gb|BU577116.1|BU577116
EST:     ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTG                         GAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
genomic: ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTGgtccgtccaa ... tgttttgtagGAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
EST: gi|120531916|gb|EH260049.1|EH260049
EST:     ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTG                         GAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
genomic: ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTGgtccgtccaa ... tgttttgtagGAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
EST: gi|26060058|gb|CA802972.1|CA802972
EST:     ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTG                         GAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
genomic: ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTGgtccgtccaa ... tgttttgtagGAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
EST: gi|19348660|gb|BM893192.1|BM893192
EST:     ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTG                         GAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT
genomic: ACGCTCATGTTTCACCCCTTCACCTTCAACGCTCAGAATTTCTTGCTCTGgtccgtccaa ... tgttttgtagGAGTAGCTGAGTTAGATGGATCTCATGAGAATAAGGGAGGTTTGTTTAATT