Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCCTGGCCAAATACGTCGCCGATCTCTCCAACAAATTCACTTCCGAAAGAGGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCGgtgaggggttttaaatgttcctgttttttggtttaaacctaacggtgattgaattgaactggattggggttaatgtgaatgtgttgtgtgttgggatctcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G40990.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7925721|gb|AW831747.1|AW831747
EST:     GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCG                         GAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
genomic: GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCGgtgaggggtt ... gggatctcagGAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
EST: gi|9203388|gb|BE329674.1|BE329674
EST:     GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCG                         GAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
genomic: GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCGgtgaggggtt ... gggatctcagGAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
EST: gi|10846535|gb|BF069388.1|BF069388
EST:     GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCG                         GAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
genomic: GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCGgtgaggggtt ... gggatctcagGAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
EST: gi|193616004|gb|FK569666.1|FK569666
EST:     GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCG                         GAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
genomic: GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCGgtgaggggtt ... gggatctcagGAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
EST: gi|193458502|gb|FK422023.1|FK422023
EST:     CTCTTTGATCAATTATCTCCG                         GAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
genomic: CTCTTTGATCAATTATCTCCGgtgaggggtt ... gggatctcagGAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
EST: gi|193413635|gb|FK378206.1|FK378206
EST:     GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCG                         GAAAACTTCTGGAACCTCCTTA
genomic: GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCGgtgaggggtt ... gggatctcagGAAA-CTTCTGGAACCTCCTTA
EST: gi|193696984|gb|FK635298.1|FK635298
EST:     GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCG                         GAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATA
genomic: GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCGgtgaggggtt ... gggatctcagGAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATA
EST: gi|207748592|gb|GD719057.1|GD719057
EST:     GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCG                         GAAACTTCTGGAGCCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
genomic: GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCGgtgaggggtt ... gggatctcagGAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
EST: gi|37995000|gb|CF806589.1|CF806589
EST:     GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCG                         GAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
genomic: GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCGgtgaggggtt ... gggatctcagGAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
EST: gi|193537759|gb|FK494108.1|FK494108
EST:     GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCG                         GAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
genomic: GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCGgtgaggggtt ... gggatctcagGAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
EST: gi|8827087|gb|BE210817.1|BE210817
EST:     GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCG                         GAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
genomic: GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCGgtgaggggtt ... gggatctcagGAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
EST: gi|193647083|gb|FK589244.1|FK589244
EST:     GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCG                         GAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
genomic: GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCGgtgaggggtt ... gggatctcagGAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
EST: gi|208259135|gb|GE055442.1|GE055442
EST:     AATTATCTCCG                         GAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
genomic: AATTATCTCCGgtgaggggtt ... gggatctcagGAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
EST: gi|6070089|gb|AW099646.1|AW099646
EST:     GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCG                         GAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
genomic: GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCGgtgaggggtt ... gggatctcagGAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
EST: gi|208188549|gb|GD983205.1|GD983205
EST:     GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCG                         GAAACTTCTGGAGCCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
genomic: GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCGgtgaggggtt ... gggatctcagGAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
EST: gi|298195254|gb|HO043782.1|HO043782
EST:     GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCG                         GAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA
genomic: GGGGCTTTCACTGTCTGCTTGTCTGGCGGCTCTTTGATCAATTATCTCCGgtgaggggtt ... gggatctcagGAAACTTCTGGAACCTCCTTATGTTGATACCCTTGAATGGTCCAAATGGCA