1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
AGCACAAACCCTAATTTGTGCCTCCGTCACTTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctcacctttcttcttcttcttcttagatgcttcattgcaaaattgtgtatatttctcattctagatcttaattacgctgttacgtttctaagac...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G14640.2 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|213592187|gb|DB965978.1|DB965978
genomic: ACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: ACTTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAACGGACACTTEST: gi|254337993|gb|GR845456.1|GR845456
genomic: ACTTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: CGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|15814215|gb|BI786490.1|BI786490
genomic: CGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: TGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|19268693|gb|BM884949.1|BM884949
genomic: TGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: AGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|22524921|gb|BU083732.1|BU083732
genomic: AGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: GTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|8284791|gb|BE022350.1|BE022350
genomic: GTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: GCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|12774389|gb|BG239316.1|BG239316
genomic: GCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: CTTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|19268958|gb|BM885214.1|BM885214
genomic: CTTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: CTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|6724689|gb|AW309022.1|AW309022
genomic: CTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: TTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|4314143|gb|AI461262.1|AI461262
genomic: TTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: CTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|14008777|gb|BG725381.1|BG725381
genomic: CTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: CTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|9901290|gb|BE610258.1|BE610258
genomic: CTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: TGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|120533320|gb|EH261453.1|EH261453
genomic: TGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: AGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|6916448|gb|AW397978.1|AW397978
genomic: AGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: TTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|193595404|gb|FK550881.1|FK550881
genomic: TTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: CTCCGTCACTTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAACGGACACTTEST: gi|15285759|gb|BI469650.1|BI469650
genomic: CTCCGTCACTTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: GTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|4305959|gb|AI443836.1|AI443836
genomic: GTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: TTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|16995671|gb|BM085043.1|BM085043
genomic: TTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: CTTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|209705859|gb|BW675964.1|BW675964
genomic: CTTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: GTCACTTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAACGGACACTTEST: gi|15661801|gb|BI699172.1|BI699172
genomic: GTCACTTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: CTTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|120533365|gb|EH261498.1|EH261498
genomic: CTTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: AGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|19053098|gb|BM731765.1|BM731765
genomic: AGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: CTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|24136545|gb|BU927055.1|BU927055
genomic: CTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: GCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAACGGACACTTEST: gi|20814298|gb|BQ298776.1|BQ298776
genomic: GCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: GCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|8827981|gb|BE211711.1|BE211711
genomic: GCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: TTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|21678445|gb|BQ630796.1|BQ630796
genomic: TTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: CTTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAACGGACACTTEST: gi|7042619|gb|AW472513.1|AW472513
genomic: CTTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: GTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|209709536|gb|BW681226.1|BW681226
genomic: GTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: CGTCACTTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAACGGACACTTEST: gi|21677230|gb|BQ629581.1|BQ629581
genomic: CGTCACTTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: GCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|38192415|gb|CF921621.1|CF921621
genomic: GCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: GCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|11274510|gb|BF324863.1|BF324863
genomic: GCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: CTTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|18734388|gb|BM528153.1|BM528153
genomic: CTTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: GCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|8670219|gb|BE191326.1|BE191326
genomic: GCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: AGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|5677540|gb|AI938670.1|AI938670
genomic: AGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: GTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|120533479|gb|EH261612.1|EH261612
genomic: GTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: AGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|23732733|gb|BU764538.1|BU764538
genomic: AGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: TGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTTEST: gi|15204350|gb|BI427118.1|BI427118
genomic: TGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
EST: AACAAGCCTCAG GTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
genomic: AACAAGCCTCAGgtagctctca ... tatgtgtaagGTAAGCCAAAGCCATGGTTAAGCATAACAATGTTATCCCCAATGGACACTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGCACAAACCCTAATTTGTGCCTCCGTCACTTTTCTCAGCTGCTGTTCCTGCGCGTGAACAAGCCTCAGgtagctctcacctttcttcttcttcttcttagatgcttcattgcaaaattgtgtatatttctcattctagatcttaattacgctgttacgtttctaagac
- - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT