1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
TATCGGCCTCAGCAGACGACGTCGTTGTGCTCTCTGAAGATAACTTCGAGAAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttaccaatcttctcgatctctttctctctgtttctatcaactatttcttattccatcgttactttgattttttgaaatcgttatcaggtagggtt...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G01750.1 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGACAAAAAGCTTGCTCCAGAATATAGAAAAGACTTGGTAGEST: gi|193718516|gb|FK649084.1|FK649084
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTG-CAAAAAGCTTGCTCCAGAATAT-GAAAAG-CTTGGTAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAEST: gi|208201719|gb|GD996166.1|GD996166
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTA
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAACATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|193350926|gb|FK314206.1|FK314206
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|193620073|gb|FK569088.1|FK569088
genomic: AAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGEST: gi|207718850|gb|GD700198.1|GD700198
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|208324590|gb|GE120963.1|GE120963
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: CTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|193398411|gb|FK362947.1|FK362947
genomic: CTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGGAAGTTGGCCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGEST: gi|193641401|gb|FK589007.1|FK589007
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAEST: gi|193589978|gb|FK544334.1|FK544334
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTG-TGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCA
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|208263862|gb|GE065270.1|GE065270
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGEST: gi|208152626|gb|GD949129.1|GD949129
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTEST: gi|193494709|gb|FK458903.1|FK458903
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCT
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|193431243|gb|FK396849.1|FK396849
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGEST: gi|208221320|gb|GE017266.1|GE017266
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGEST: gi|193622648|gb|FK570554.1|FK570554
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTGGTAGEST: gi|192333634|gb|FK026879.1|FK026879
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|193466612|gb|FK432061.1|FK432061
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|193481517|gb|FK446440.1|FK446440
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: TTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|208052028|gb|GD853439.1|GD853439
genomic: TTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|193665968|gb|FK611355.1|FK611355
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGEST: gi|193382421|gb|FK349006.1|FK349006
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|193475513|gb|FK440292.1|FK440292
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|208297750|gb|GE092853.1|GE092853
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|208061547|gb|GD859261.1|GD859261
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|208287580|gb|GE081716.1|GE081716
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|163921267|gb|EH038909.1|EH038909
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTAGCTCCAGAATATGAAAAGCTAGGTAGCAGEST: gi|193627766|gb|FK577948.1|FK577948
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|207806760|gb|GD776577.1|GD776577
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGEST: gi|193404500|gb|FK369525.1|FK369525
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGEST: gi|207708380|gb|GD691378.1|GD691378
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGEST: gi|207758702|gb|GD728748.1|GD728748
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAG
EST: TTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|193521591|gb|FK477712.1|FK477712
genomic: TTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|208180185|gb|GD973684.1|GD973684
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|193429912|gb|FK395560.1|FK395560
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATEST: gi|193704830|gb|FK645692.1|FK645692
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATAT
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|208192570|gb|GD994170.1|GD994170
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGEST: gi|207697573|gb|GD679084.1|GD679084
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGCAAAGEST: gi|207759728|gb|GD734843.1|GD734843
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAG
EST: TTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAGEST: gi|193561381|gb|FK518500.1|FK518500
genomic: TTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTGCAAAAAGCTTGCTCCAGAATATGAAAAGCTTGGTAGCAG
EST: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTG GTGTGGACACTGACAAAAAGCTTGCTCCAGAATATAGAAAAGCTTGGTAGC
genomic: AAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttacc ... gttgtaatagGTGTGGACACTG-CAAAAAGCTTGCTCCAGAATAT-GAAAAGCTTGGTAGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TATCGGCCTCAGCAGACGACGTCGTTGTGCTCTCTGAAGATAACTTCGAGAAGGAAGTTGGTCAGGACAGAGGAGCTCTCGTTGAGTTCTATGCTCCTTGgtaacttaccaatcttctcgatctctttctctctgtttctatcaactatttcttattccatcgttactttgattttttgaaatcgttatcaggtagggtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT