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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACGGTTTTGTTATGGCTCTTCCTTCACTATCCTTTCTCTTCATCTTCACTTCCTTCATCGTCTCCGTCTCACACTCAATACCCTTTATTGTTATTCATGgtaatttcattttctctttttatgttttccaacatgtttttatatccattataatcttgttgcttttctctaatacttactagtgactccaattatgttc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G41570.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10235847|gb|BE804735.1|BE804735
EST:     TTCCTTCATCGTCTCCGTCTCACACTCAATACCCTTTATTGTTATTCATG                         GAATTGGGGATCAGTGCTCTAATCGTGGAGTGAAAAAATTCACACAGCAAT
genomic: TTCCTTCATCGTCTCCGTCTCACACTCAATACCCTTTATTGTTATTCATGgtaatttcat ... ttgatggcagGAATTGGGGATCAGTGCTCTAATCGTGGAGTGAAAAAATTCACACAGCAAT
EST: gi|298163157|gb|HO011890.1|HO011890
EST:     TTCCTTCATCGTCTCCGTCTCACACTCAATACCCTTTATTGTTATTCATG                         GAATTGGGGATCAGTGCTCTAATCGTGGAGTGAAAAAATTCACACAGCAAT
genomic: TTCCTTCATCGTCTCCGTCTCACACTCAATACCCTTTATTGTTATTCATGgtaatttcat ... ttgatggcagGAATTGGGGATCAGTGCTCTAATCGTGGAGTGAAAAAATTCACACAGCAAT
EST: gi|24136207|gb|BU926717.1|BU926717
EST:     TTCCTTCATCGTCTCCGTCTCACACTCAATACCCTTTATTGTTATTCATG                         GAATTGGGGATCAGTGCTCTAATCGTGGAGTGAAAAAATTCACACAGCAAT
genomic: TTCCTTCATCGTCTCCGTCTCACACTCAATACCCTTTATTGTTATTCATGgtaatttcat ... ttgatggcagGAATTGGGGATCAGTGCTCTAATCGTGGAGTGAAAAAATTCACACAGCAAT
EST: gi|213613400|gb|DB956914.1|DB956914
EST:     TTCCTTCATCGTCTCCGTCTCACACTCAATACCCTTTATTGTTATTCATG                         GAATTGGGGATCAGTGCTCTAATCGTGGAGTGAAAAAATTCACACAGCAAT
genomic: TTCCTTCATCGTCTCCGTCTCACACTCAATACCCTTTATTGTTATTCATGgtaatttcat ... ttgatggcagGAATTGGGGATCAGTGCTCTAATCGTGGAGTGAAAAAATTCACACAGCAAT
EST: gi|21285430|gb|BQ473301.1|BQ473301
EST:     TTCCTTCATCGTCTCCGTCTCACACTCAATACCCTTTATTGTTATTCATG                         GAATTGGGGATCAGTGCTCTAATCGTGGAGTGAAAAAATTCACACAGCAAT
genomic: TTCCTTCATCGTCTCCGTCTCACACTCAATACCCTTTATTGTTATTCATGgtaatttcat ... ttgatggcagGAATTGGGGATCAGTGCTCTAATCGTGGAGTGAAAAAATTCACACAGCAAT
EST: gi|6071031|gb|AW100418.1|AW100418
EST:     TTCCTTCATCGTCTCCGTCTCACACTCAATACCCTTTATTGTTATTCATG                         GAATTGGGGATCAGTGCTCTAATCGTGGAGTGAAAAAATTCACACAGCAAT
genomic: TTCCTTCATCGTCTCCGTCTCACACTCAATACCCTTTATTGTTATTCATGgtaatttcat ... ttgatggcagGAATTGGGGATCAGTGCTCTAATCGTGGAGTGAAAAAATTCACACAGCAAT