1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GCACCCTGACCCTGGACGTGATGGCTCTGACCATCGCCTACTCGCTGGCGGGCCTGGGCATTGCCATTGTGAACGACTTCAAGTCCATTGAGGGCGACAGgtgcgggggcgggggcagcagcaggcataggagtaagggcagtaggtagggcaagcaggtcggggttggtgtagttgtcttgtcttgatccggacatatg...
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDO97346 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGCCTGGGCATTGCCATTGTGAACGACTTCAAGTCCATTGAGGGCGACAG GCAGATGGGCCTGCAGTCGCTGCCGGTGGCGTTCGGCGTGGACACGGCCAA
genomic: GGCCTGGGCATTGCCATTGTGAACGACTTCAAGTCCATTGAGGGCGACAGgtgcgggggc ... cgccccgcagGCAGATGGGCCTGCAGTCGCTGCCGGTGGCGTTCGGCGTGGACACGGCCAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCACCCTGACCCTGGACGTGATGGCTCTGACCATCGCCTACTCGCTGGCGGGCCTGGGCATTGCCATTGTGAACGACTTCAAGTCCATTGAGGGCGACAGgtgcgggggcgggggcagcagcaggcataggagtaagggcagtaggtagggcaagcaggtcggggttggtgtagttgtcttgtcttgatccggacatatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agcagca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -taggagt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agtaggt
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttgtct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtcttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gacatat