1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
TGTGTCCTCGTCGGTGGGCCCCGAGTACTACGTGTGCATCCTGTCCTTTGTGGACAAGACGCAGCTGGAGCCGGGCTGCAGCGTGCTGCTGCACTACAAGgtgaggggcgcgtcagcgcgggcggggaacggtatggactggagtgtgcgaggtggaatagaggcgatgtgtgtgtgctgtggagtggcatgacacgttg...
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP05705 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGGACAAGACGCAGCTGGAGCCGGGCTGCAGCGTGCTGCTGCACTACAAG AGCATGTCGGTGGTGGGCATCCTGAGCGATGAGACCGACCCCATGGTGTCGEST: gi|15695862|gb|BI720167.1|BI720167
genomic: TGGACAAGACGCAGCTGGAGCCGGGCTGCAGCGTGCTGCTGCACTACAAGgtgaggggcg ... cacggcgcagAGCATGTCGGTGGTGGGCATCCTGAGCGATGAGACCGACCCCATGGTGTCG
EST: TGGACAAGACGCAGCTGGAGCCGGGCTGCAGCGTGCTGCTGCACTACA-G AGCATGTCGGTGGT
genomic: TGGACAAGACGCAGCTGGAGCCGGGCTGCAGCGTGCTGCTGCACTACAAGgtgaggggcg ... cacggcgcagAGCATGTCGGTGGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGTGTCCTCGTCGGTGGGCCCCGAGTACTACGTGTGCATCCTGTCCTTTGTGGACAAGACGCAGCTGGAGCCGGGCTGCAGCGTGCTGCTGCACTACAAGgtgaggggcgcgtcagcgcgggcggggaacggtatggactggagtgtgcgaggtggaatagaggcgatgtgtgtgtgctgtggagtggcatgacacgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtatggac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgcga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtggag