1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GACGACGCCGACTTCAATGAGGAGCGGGTGGCGATGCTGCAGCGGACGGTGGCGCAGCTGGACCCCTGCTACGACATGGTCGGCCTGgtgcgtgcatgtgtgcgtgcgtgcgtgtgtttgaaagacaaacggaacaaaggcgctgtgtgtgtgtatatataaaaaaggaaacgaaagcccgcccaga...
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP01859 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGCAGCGGACGGTGGCGCAGCTGGACCCCTGCTACGACATGGTCGGCCTG GACTACAAGGAGAGCTTCTGCTCGTTGCAGCGCTTTAAGGACGGCCTGGCCEST: gi|15368446|gb|BI527872.1|BI527872
genomic: TGCAGCGGACGGTGGCGCAGCTGGACCCCTGCTACGACATGGTCGGCCTGgtgcgtgcat ... ctggctgcagGACTACAAGGAGAGCTTCTGCTCGTTGCAGCGCTTTAAGGACGGCCTGGCC
EST: TGCAGCGGACGGTGGCGCAGCTGGACCCCTGCTACGACATGGTCGGCCTG GACTACAAGGAGAGCTTCTGCTCGTTGCAGCGCTTTAAGGACGGCCTGGCC
genomic: TGCAGCGGACGGTGGCGCAGCTGGACCCCTGCTACGACATGGTCGGCCTGgtgcgtgcat ... ctggctgcagGACTACAAGGAGAGCTTCTGCTCGTTGCAGCGCTTTAAGGACGGCCTGGCC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GACGACGCCGACTTCAATGAGGAGCGGGTGGCGATGCTGCAGCGGACGGTGGCGCAGCTGGACCCCTGCTACGACATGGTCGGCCTGgtgcgtgcatgtgtgcgtgcgtgcgtgtgtttgaaagacaaacggaacaaaggcgctgtgtgtgtgtatatataaaaaaggaaacgaaagcccgcccaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaagaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaacgaa