1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
CCATGAATGAGGCGTGGGACGAGTGGGTGCCGGCCGGCCACGCGCCCACCCGCGCCACCGTGGGTGTGACGTGGCTGGCGGACCCGGGCTGGAAGgtgtgtgggcgtgggggcgtgtgcgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgcctcagtgatattgatgatggtggtggtggtggtggctgtaccacgtgc...
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDO99629 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCACCCGCGCCACCGTGGGTGTGACGTGGCTGGCGGACCCGGGCTGGAAG GTTGAGATTGTGGTCACTGCCGCCCTGTGAGGGTGTGCTGTGAGCGTCCAG
genomic: CCACCCGCGCCACCGTGGGTGTGACGTGGCTGGCGGACCCGGGCTGGAAGgtgtgtgggc ... acgccaacagGTTGAGATTGTGGTCACTGCCGCCCTGTGAGGGTGTGCTGTGAGCGTCCAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CCATGAATGAGGCGTGGGACGAGTGGGTGCCGGCCGGCCACGCGCCCACCCGCGCCACCGTGGGTGTGACGTGGCTGGCGGACCCGGGCTGGAAGgtgtgtgggcgtgggggcgtgtgcgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgcctcagtgatattgatgatggtggtggtggtggtggctgtaccacgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgggcgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgcgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcagtga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggctgt