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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCCGTCCCGGCTCGCCGCAGCTCCGTCGTGGTGCGCGCCAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgttactagatgcgactgcatttgtttggggtgagggtgcgctggtagcgggtgtcgcagcgcatggcttgcagccacgtcgcctttcggtcagg...

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP09990
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6543210|gb|AV388994.1|AV388994
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EST: gi|49468988|gb|BP096849.1|BP096849
EST:     GCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
genomic: GCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|10126372|gb|BE725076.1|BE725076
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|23366793|gb|BU654612.1|BU654612
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCAGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
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EST: gi|10126346|gb|BE725050.1|BE725050
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|10126839|gb|BE725543.1|BE725543
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
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EST: gi|10772139|gb|AV622962.1|AV622962
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
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EST: gi|10773576|gb|AV624399.1|AV624399
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EST: gi|10773103|gb|AV623926.1|AV623926
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genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
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EST: gi|10792695|gb|AV630061.1|AV630061
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EST: gi|8576553|gb|BE129190.1|BE129190
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EST: gi|23362483|gb|BU650303.1|BU650303
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EST: gi|16071854|gb|BI873850.1|BI873850
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
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EST: gi|16072736|gb|BI874732.1|BI874732
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
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EST: gi|7687021|gb|AW757669.1|AW757669
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|6545585|gb|AV391369.1|AV391369
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
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EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
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EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
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EST: gi|10773400|gb|AV624223.1|AV624223
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EST: gi|22063070|gb|BQ815066.1|BQ815066
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genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|16073420|gb|BI875416.1|BI875416
EST:     AGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCNCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
genomic: AGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGC-CTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|10794397|gb|AV631763.1|AV631763
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|22074223|gb|BQ823355.1|BQ823355
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|8513704|gb|BE121599.1|BE121599
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genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|6542806|gb|AV388590.1|AV388590
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|10775223|gb|AV631903.1|AV631903
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EST: gi|49466099|gb|BP094012.1|BP094012
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|10780260|gb|AV636940.1|AV636940
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|23362899|gb|BU650719.1|BU650719
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|6550432|gb|AV396216.1|AV396216
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|10779575|gb|AV636255.1|AV636255
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|49459417|gb|BP087330.1|BP087330
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGAATCCCCT
genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|7593283|gb|AW707422.1|AW707422
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|10783173|gb|AV639845.1|AV639845
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|10773533|gb|AV624356.1|AV624356
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|10769963|gb|AV620788.1|AV620788
EST:     CAGCACTGAGTAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|7427367|gb|AW661533.1|AW661533
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
EST: gi|22062727|gb|BQ814908.1|BQ814908
EST:     CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTG                         CCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT
genomic: CAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgtta ... gctgccgcagCCGTCGCTGGTGCCCTGCTGGTGGCTCCCGCTGAGGCCATCCGCATCCCCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCCGTCCCGGCTCGCCGCAGCTCCGTCGTGGTGCGCGCCAGCACTGAGCAGACCACCAAGCGCGCTATGCTGGGCCTGCTGGCTGGTGgtgagtgttactagatgcgactgcatttgtttggggtgagggtgcgctggtagcgggtgtcgcagcgcatggcttgcagccacgtcgcctttcggtcagg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tttgttt
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