Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAATTACGGCTTTGTGCCGAAGACTCTGTGCGAGGACGGCGACCCGCTGGACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgcagcctccagcaggaagggaagggcagctcacaatgtgctcacagctgcaggaagcattttagacacgcaagtgctcggggtgccacgcgggacccactggtcacgagcttggctcacaccacaccgccctcgattaccactcacgacggtcattctttgtacttgattgcgcag

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP02064
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161821353|gb|FC109492.1|FC109492
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|14238456|gb|BG857272.1|BG857272
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|14231499|gb|BG850315.1|BG850315
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|10776946|gb|AV633626.1|AV633626
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGTGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|10772597|gb|AV623420.1|AV623420
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGNCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161821967|gb|FC107623.1|FC107623
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161815965|gb|FC099916.1|FC099916
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|10776800|gb|AV633480.1|AV633480
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACC
EST: gi|161809458|gb|FC096515.1|FC096515
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161794542|gb|FC080819.1|FC080819
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|49458879|gb|BP086792.1|BP086792
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCA
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCA
EST: gi|49464864|gb|BP092777.1|BP092777
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|9027974|gb|BE238014.1|BE238014
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161822375|gb|FC111125.1|FC111125
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|10776376|gb|AV633056.1|AV633056
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGCGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|8933173|gb|BE227934.1|BE227934
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|14231498|gb|BG850314.1|BG850314
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|10780438|gb|AV637118.1|AV637118
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|16072471|gb|BI874467.1|BI874467
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161818141|gb|FC102289.1|FC102289
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|7545660|gb|AW676148.1|AW676148
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAAGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGAGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|10780441|gb|AV637121.1|AV637121
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|10777324|gb|AV634004.1|AV634004
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGTGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|14238480|gb|BG857296.1|BG857296
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161800071|gb|FC087594.1|FC087594
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161797736|gb|FC085184.1|FC085184
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|6544656|gb|AV390440.1|AV390440
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161809582|gb|FC097393.1|FC097393
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|10126294|gb|BE724998.1|BE724998
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|10776931|gb|AV633611.1|AV633611
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCACGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161793042|gb|FC081360.1|FC081360
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161800748|gb|FC084709.1|FC084709
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161817310|gb|FC104916.1|FC104916
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|14229106|gb|BG847922.1|BG847922
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|7709610|gb|AW772981.1|AW772981
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|10781224|gb|AV637904.1|AV637904
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCA
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCA
EST: gi|10781486|gb|AV638166.1|AV638166
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCANGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161819523|gb|FC108312.1|FC108312
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|14231500|gb|BG850316.1|BG850316
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161809363|gb|FC097096.1|FC097096
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|10774352|gb|AV625175.1|AV625175
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCANGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|14240092|gb|BG858908.1|BG858908
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161811254|gb|FC095353.1|FC095353
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161823017|gb|FC106587.1|FC106587
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|10782615|gb|AV639287.1|AV639287
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|22071487|gb|BQ820825.1|BQ820825
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161802096|gb|FC089658.1|FC089658
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|15369487|gb|BI528913.1|BI528913
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|10780986|gb|AV637666.1|AV637666
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCA
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCA
EST: gi|161810532|gb|FC094982.1|FC094982
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|14242577|gb|BG861393.1|BG861393
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161817261|gb|FC104906.1|FC104906
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161798476|gb|FC085427.1|FC085427
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAACGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161793555|gb|FC078467.1|FC078467
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|10782077|gb|AV638757.1|AV638757
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGAC
EST: gi|49459731|gb|BP087644.1|BP087644
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGAC
EST: gi|23362525|gb|BU650345.1|BU650345
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161823426|gb|FC105748.1|FC105748
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|16071678|gb|BI873674.1|BI873674
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161820862|gb|FC108949.1|FC108949
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161823425|gb|FC105747.1|FC105747
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|10779395|gb|AV636075.1|AV636075
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCATGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|15368172|gb|BI527598.1|BI527598
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|7545580|gb|AW676068.1|AW676068
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGNGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|161803656|gb|FC090568.1|FC090568
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
EST: gi|14229353|gb|BG848169.1|BG848169
EST:     ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGG                         GCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC
genomic: ACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgc ... gattgcgcagGCCAAGCCCATCGGTGTCATGCAGATGCTTGACCAGGGCGAGCGCGACGAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAATTACGGCTTTGTGCCGAAGACTCTGTGCGAGGACGGCGACCCGCTGGACGTGCTGGTGCTGATGCAGGAGCCTGTTGTGCCTATGTGCTTCCTGCGGgtaagtgcgcagcctccagcaggaagggaagggcagctcacaatgtgctcacagctgcaggaagcattttagacacgcaagtgctcggggtgccacgcgggacccactggtcacgagcttggctcacaccacaccgccctcgattaccactcacgacggtcattctttgtacttgattgcgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT