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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGAAGTTCACCATGGAGGAGATCCGTGCGCTCATGGACAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcctctgctatgctcaagatgcttggactgcgctaactgggcgtgtcgcgctgatgtgcag

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDO96511
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EDO96511 (Chlamydomonas reinhardtii), 5'ss of exon 2
lower sequence: EFJ28367 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 2
GTGAAGTTCACCATGGAGGAGATCCGTGCGCTCATGGACAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcctctgctatgctcaagatgcttggactgcgctaactgggcgtgtcgcgctgatgtgcag
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GTGAAATTCACGGCAGAAGAGCTGCGCCGGATCATGGACAAGAAGCACAACATCCGGAACATGTCTGTGATTGCTCATGTCGATCACGgtgagtttcttctagattttccatccattcag-tagctaaagctcgtcgatctgaaattttcgccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10791349|gb|AV628715.1|AV628715
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|10785284|gb|AV641956.1|AV641956
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
genomic: CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcct ... tgatgtgcagGCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
EST: gi|10793274|gb|AV630640.1|AV630640
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
genomic: CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcct ... tgatgtgcagGCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
EST: gi|49470017|gb|BP097878.1|BP097878
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
genomic: CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcct ... tgatgtgcagGCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
EST: gi|10785289|gb|AV641961.1|AV641961
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
genomic: CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcct ... tgatgtgcagGCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
EST: gi|6549703|gb|AV395487.1|AV395487
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
genomic: CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcct ... tgatgtgcagGCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
EST: gi|49467703|gb|BP095564.1|BP095564
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
genomic: CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcct ... tgatgtgcagGCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
EST: gi|6550191|gb|AV395975.1|AV395975
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGA-TGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|49470396|gb|BP098257.1|BP098257
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
genomic: CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcct ... tgatgtgcagGCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
EST: gi|49470014|gb|BP097875.1|BP097875
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|6548316|gb|AV394100.1|AV394100
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genomic: -CCTCACAAC--ATCCGCAACAT-GAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcct ... tgatgtgcag-
EST: gi|6548316|gb|AV394100.1|AV394100
EST:     TCCTCACAACTNATCCGCAACATAGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         T
genomic: -CCTCACAAC--ATCCGCAACAT-GAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcct ... tgatgtgcag-
EST: gi|6547997|gb|AV393781.1|AV393781
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EST: gi|10792930|gb|AV630296.1|AV630296
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EST: gi|10783097|gb|AV639769.1|AV639769
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EST: gi|49469838|gb|BP097699.1|BP097699
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EST: gi|6547778|gb|AV393562.1|AV393562
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EST: gi|10784896|gb|AV641568.1|AV641568
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|49470537|gb|BP098398.1|BP098398
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EST: gi|10790907|gb|AV628273.1|AV628273
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EST: gi|10790512|gb|AV627878.1|AV627878
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EST: gi|10788726|gb|AV626446.1|AV626446
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EST: gi|10783464|gb|AV640136.1|AV640136
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EST: gi|10785119|gb|AV641791.1|AV641791
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EST: gi|49469348|gb|BP097209.1|BP097209
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EST: gi|49465643|gb|BP093556.1|BP093556
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EST: gi|49465112|gb|BP093025.1|BP093025
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EST: gi|49467512|gb|BP095425.1|BP095425
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EST: gi|49466982|gb|BP094895.1|BP094895
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EST: gi|49470645|gb|BP098506.1|BP098506
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EST: gi|10791576|gb|AV628942.1|AV628942
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EST: gi|49469638|gb|BP097499.1|BP097499
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|49468636|gb|BP096497.1|BP096497
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|6549253|gb|AV395037.1|AV395037
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|10788769|gb|AV626489.1|AV626489
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|49465809|gb|BP093722.1|BP093722
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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EST: gi|6549398|gb|AV395182.1|AV395182
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EST: gi|10784275|gb|AV640947.1|AV640947
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EST: gi|10783684|gb|AV640356.1|AV640356
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
genomic: CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACGgtaagctcct ... tgatgtgcagGCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
EST: gi|10792727|gb|AV630093.1|AV630093
EST:     CAAGCCTCACAACATCCGCAACATGAGTGTGATTGCTCATGTGGACCACG                         GCAAGTCGACCCTCACCGACTCGCTGGTGGCTGCGGCCGGTATCATGGCCG
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