1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
AATTTGGGAAGCTGCTTCTCTAGACGAGTGGTTATACAACGGTGGTCCTTACCAACTTATCGTTTGTCACTTCCTTCTAGGTGTATACTGCTACATGGGTttctcattcgtggcccaacaaaaaggtgactttttgattaaaaaaactgactcaacccgtccattaattaacaattggtggtggggcttctttttatttg...
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | DAA00922 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACCAACTTATCGTTTGTCACTTCCTTCTAGGTGTATACTGCTACATGGGT CGTGAGTGGGAATTATCTTTCCGTTTAGGTATGCGTACATGGATCGCTGTAEST: gi|16432092|gb|BI997318.1|BI997318
genomic: ACCAACTTATCGTTTGTCACTTCCTTCTAGGTGTATACTGCTACATGGGTttctcattcg ... tccacttttgCGTGAGTGGGAATTATCTTTCCGTTTAGGTATGCGTCCATGGATCGCTGTA
EST: ACCAACTTATCGTTTGTCACTTCCTTCTAGGTGTATACTGCTACATGGGT CGTGAGTGGGAATTATCTTTCCGTTTAGGTATGCGTCCATGGATCGCTGTA
genomic: ACCAACTTATCGTTTGTCACTTCCTTCTAGGTGTATACTGCTACATGGGTttctcattcg ... tccacttttgCGTGAGTGGGAATTATCTTTCCGTTTAGGTATGCGTCCATGGATCGCTGTA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AATTTGGGAAGCTGCTTCTCTAGACGAGTGGTTATACAACGGTGGTCCTTACCAACTTATCGTTTGTCACTTCCTTCTAGGTGTATACTGCTACATGGGTttctcattcgtggcccaacaaaaaggtgactttttgattaaaaaaactgactcaacccgtccattaattaacaattggtggtggggcttctttttatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attcgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgactt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttgatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - attaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttattt