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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGCCTCTGTCCGCCATCAGCCGCGCGCTCAACGCCGCCACCAACCACTTCGTGCCGGTGTGGAACCCCTACATGCCCAAGGGCGCGGCGCCGCTCAAGGgtgagtgtcgctgcatggctggaaactggggccgtggttgagcagccggtggggtgattgcagcgggttgtctaggcagtgtctgcgctccgcacacggctgagctcataagcccttgcatccatcttccatcgtgcatcaatcttccccgcatccatccatcttcccccctacag

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP01639
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|23365585|gb|BU653405.1|BU653405
EST:     CGTGCCGGTGTGGAACCCCTACATGCCCAAGGGCGCGGCGCCGCTCAAGG                         TGCCCGCCCCGCCGGCGCCGGCAGCTGCTGAGGCCTCGGGCATCCCGCGCA
genomic: CGTGCCGGTGTGGAACCCCTACATGCCCAAGGGCGCGGCGCCGCTCAAGGgtgagtgtcg ... ccccctacagTGCCCGCCCCGCCGGCGCCGGCAGCTGCTGAGGCCTCGGGCATCCCGCGCA
EST: gi|10773816|gb|AV624639.1|AV624639
EST:     CGTGCCGGTGTGGAACCCCTACATGCCCAAGGGCGCGGCGCCGCTCAAGG                         TGCCCGCCCCGCCGGCGCCGGCAGCTGCTGAGGCCTCGGGCATCCCGCGCA
genomic: CGTGCCGGTGTGGAACCCCTACATGCCCAAGGGCGCGGCGCCGCTCAAGGgtgagtgtcg ... ccccctacagTGCCCGCCCCGCCGGCGCCGGCAGCTGCTGAGGCCTCGGGCATCCCGCGCA
EST: gi|6543535|gb|AV389319.1|AV389319
EST:     CGTGCCGGTGTGGAACCCCTACATGCCCAAGGGCGCGGCGCCGCTCAAGG                         TGCCCGCCCCGCCGGCGCCGGCAGCTGCTGAGGCCTCGGGCATCCCGCGCA
genomic: CGTGCCGGTGTGGAACCCCTACATGCCCAAGGGCGCGGCGCCGCTCAAGGgtgagtgtcg ... ccccctacagTGCCCGCCCCGCCGGCGCCGGCAGCTGCTGAGGCCTCGGGCATCCCGCGCA