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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGTCCACCAAGCTGGACCGCGCCCCTGATGGAAAGTGGGTGGTCAAGCCGACCTCCACCAGCTACCAGTTCCGCGTGGACCGCCGCGTTCCCAAGCTTGGgtaagtgtagtgtagacagcgcacacttgccgccgacgcgacgaccgagccgcggctgtgttgtgaacccgggggggcgctgtaagggcttcgcttcaactctgcctacctcccccgcgcag

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP05930
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|49465125|gb|BP093038.1|BP093038
EST:     ACCTCCACCAGCTACCAGTTCCGCGTGGACCGCCGCGTTCCCAAGCTTGG                         TGTGATGCTGGTCGGCTGGGGCGGTAACAACGGTACCACTCTGACTGCTGG
genomic: ACCTCCACCAGCTACCAGTTCCGCGTGGACCGCCGCGTTCCCAAGCTTGGgtaagtgtag ... ccccgcgcagTGTGATGCTGGTCGGCTGGGGCGGTAACAACGGTACCACTCTGACTGCTGG
EST: gi|22049824|gb|BQ808947.1|BQ808947
EST:     ACCTCCACCAGCTACCAGTTCCGCGTGGACCGCCGCGTTCCCAAGCTTGG                         TGTGATGCTGGTCGGCTGGGGCGGTAACAACGGTACCACTCTGACTGCTGG
genomic: ACCTCCACCAGCTACCAGTTCCGCGTGGACCGCCGCGTTCCCAAGCTTGGgtaagtgtag ... ccccgcgcagTGTGATGCTGGTCGGCTGGGGCGGTAACAACGGTACCACTCTGACTGCTGG
EST: gi|9027625|gb|BE237665.1|BE237665
EST:     ACCTCCACCAGCTACCAGTTCCGCGTGGACCGCCGCGTTCCCAAGCTTGG                         TGTGATGCTGGTCGGCTGGGGCGGTAACAACGGTACCACTCTGACTGCTGG
genomic: ACCTCCACCAGCTACCAGTTCCGCGTGGACCGCCGCGTTCCCAAGCTTGGgtaagtgtag ... ccccgcgcagTGTGATGCTGGTCGGCTGGGGCGGTAACAACGGTACCACTCTGACTGCTGG
EST: gi|22063814|gb|BQ815437.1|BQ815437
EST:     ACCTCCACCAGCTACCAGTTCCGCGTGGACCGCCGCGTTCCCAAGCTTGG                         TGTGATGCTGGTCGGCTGGGGCGGTAACAACGGTACCACTCTGACTGCTGG
genomic: ACCTCCACCAGCTACCAGTTCCGCGTGGACCGCCGCGTTCCCAAGCTTGGgtaagtgtag ... ccccgcgcagTGTGATGCTGGTCGGCTGGGGCGGTAACAACGGTACCACTCTGACTGCTGG
EST: gi|9460519|gb|BE453275.1|BE453275
EST:     ACCTCCACCAGCTACCAGTTCCGCGTGGACCGCCGCGTTCCCAAGCTTGG                         TGTGATGCTGGTCGGCTGGGGCGGCAACAACGGTACCACTCTGACTGCTGG
genomic: ACCTCCACCAGCTACCAGTTCCGCGTGGACCGCCGCGTTCCCAAGCTTGGgtaagtgtag ... ccccgcgcagTGTGATGCTGGTCGGCTGGGGCGGTAACAACGGTACCACTCTGACTGCTGG
EST: gi|161792254|gb|FC080338.1|FC080338
EST:     ACCTCCACCAGCTACCAGTTCCGCGTGGACCGCCGCGTTCCCAAGCTTGG                         TGTGATGCTGGTCGGCTGGGGCGGTAACAACGGTACCACTCTGACTGCTGG
genomic: ACCTCCACCAGCTACCAGTTCCGCGTGGACCGCCGCGTTCCCAAGCTTGGgtaagtgtag ... ccccgcgcagTGTGATGCTGGTCGGCTGGGGCGGTAACAACGGTACCACTCTGACTGCTGG
EST: gi|49470986|gb|BP098847.1|BP098847
EST:     ACCTCCACCAGCTACCAGTTCCGCGTGGACCGCCGCGTTCCCAAGCTTGG                         TGTGATGCTGGTCGGCTGGGGCGGTAACAACGGTACCACTCTGACTGCTGG
genomic: ACCTCCACCAGCTACCAGTTCCGCGTGGACCGCCGCGTTCCCAAGCTTGGgtaagtgtag ... ccccgcgcagTGTGATGCTGGTCGGCTGGGGCGGTAACAACGGTACCACTCTGACTGCTGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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CGTCCACCAAGCTGGACCGCGCCCCTGATGGAAAGTGGGTGGTCAAGCCGACCTCCACCAGCTACCAGTTCCGCGTGGACCGCCGCGTTCCCAAGCTTGGgtaagtgtagtgtagacagcgcacacttgccgccgacgcgacgaccgagccgcggctgtgttgtgaacccgggggggcgctgtaagggcttcgcttcaactctgcctacctcccccgcgcag

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