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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTGCAGTTTACTCCTTCTGTCCACTACACTCATATCAAAATGGCCGCCATCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcagcgcgcgcacatgccgagttcagcgactcgcttcgtcccttggcgccggcgcttgtccagatcctcccgccatctggcgcgaggatgcctg...

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP02923
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10776197|gb|AV632877.1|AV632877
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EST: gi|49470644|gb|BP098505.1|BP098505
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genomic: ATGAAGTCCGCT-GTTCGCAGCTCC-GTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
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genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
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genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
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genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
EST: gi|49464233|gb|BP092146.1|BP092146
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genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
EST: gi|10770161|gb|AV620986.1|AV620986
EST:     TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGG                         TCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
EST: gi|49458187|gb|BP086100.1|BP086100
EST:     TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGG                         TCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
EST: gi|6544737|gb|AV390521.1|AV390521
EST:     TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGG                         TCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
EST: gi|6546982|gb|AV392766.1|AV392766
EST:     TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGG                         TCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
EST: gi|10772812|gb|AV623635.1|AV623635
EST:     TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGG                         TCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
EST: gi|10777917|gb|AV634597.1|AV634597
EST:     TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGG                         TCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCC
genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCC
EST: gi|49463092|gb|BP091005.1|BP091005
EST:     TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGG                         TCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
EST: gi|161797612|gb|FC085125.1|FC085125
EST:     TCATGAAGTCCTCCGTCCGCAGCTCCGTGCGCGCCACCGTGAGCAGCCGG                         TCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
EST: gi|10777147|gb|AV633827.1|AV633827
EST:     TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGG                         TCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
EST: gi|161820043|gb|FC107558.1|FC107558
EST:     TCATGAAGTCCTCCGTCCGCAGCTCCGTGCGCTCCACCGTGAGCAGCCGG                         TCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
EST: gi|10778459|gb|AV635139.1|AV635139
EST:     TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGG                         TCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
EST: gi|49461845|gb|BP089758.1|BP089758
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genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
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genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
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genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
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genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
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genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
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EST:     TCATGAAGTCCTCCGTCCGCAGCTCCGTGCGCTCCACCGTGAGCAGCCGG                         TCTGCTCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC
genomic: TCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcag ... cttttgacagTCCGCCCGCGTGGTGCCCCGCGCTGCCATCGAGTGGTACGGCCCCGACCGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGTGCAGTTTACTCCTTCTGTCCACTACACTCATATCAAAATGGCCGCCATCATGAAGTCCGCTGTTCGCAGCTCCGTGCGCCCCACCGTCAGCGGCCGGgtgagttcagcgcgcgcacatgccgagttcagcgactcgcttcgtcccttggcgccggcgcttgtccagatcctcccgccatctggcgcgaggatgcctg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cgcacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cgcttgt