1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
CTTTCTTTACATACCAGTTAAAATGTCTCTTATCGTGACTGGTGCTGATCGTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAGgtagatctgtatttcttagcagcccgtttagtcccctggccccttggtgccagcacggcgacacatgctcggcggcggcaatttgcgctgaaagcgtcctgcactgctgcag
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDO96524 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAG GTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTCEST: gi|14230111|gb|BG848927.1|BG848927
genomic: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAGgtagatctgt ... actgctgcagGTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTC
EST: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAG GTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTCEST: gi|34981088|gb|CF555005.1|CF555005
genomic: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAGgtagatctgt ... actgctgcagGTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTC
EST: ACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAG GTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTCEST: gi|10126273|gb|BE724977.1|BE724977
genomic: ACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAGgtagatctgt ... actgctgcagGTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTC
EST: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAG GTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTCEST: gi|14230597|gb|BG849413.1|BG849413
genomic: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAGgtagatctgt ... actgctgcagGTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTC
EST: TTACTCGCCGGACCAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAG GTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTCEST: gi|15692442|gb|BI716747.1|BI716747
genomic: TTACTCGCCGGA-CAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAGgtagatctgt ... actgctgcagGTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTC
EST: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAG GTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTCEST: gi|161822949|gb|FC110640.1|FC110640
genomic: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAGgtagatctgt ... actgctgcagGTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTC
EST: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAG GTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTCEST: gi|6547366|gb|AV393150.1|AV393150
genomic: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAGgtagatctgt ... actgctgcagGTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTC
EST: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAG GTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTCEST: gi|10771200|gb|AV622023.1|AV622023
genomic: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAGgtagatctgt ... actgctgcagGTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTC
EST: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAG GTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTCEST: gi|16435576|gb|BM000796.1|BM000796
genomic: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAGgtagatctgt ... actgctgcagGTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTC
EST: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAG GTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTCEST: gi|9210565|gb|BE337480.1|BE337480
genomic: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAGgtagatctgt ... actgctgcagGTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTC
EST: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAG GTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTCEST: gi|8932823|gb|BE227584.1|BE227584
genomic: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAGgtagatctgt ... actgctgcagGTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTC
EST: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAG GTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTCEST: gi|16073610|gb|BI875606.1|BI875606
genomic: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAGgtagatctgt ... actgctgcagGTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTC
EST: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAG GTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTCEST: gi|161822162|gb|FC107662.1|FC107662
genomic: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAGgtagatctgt ... actgctgcagGTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTC
EST: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAG GTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTCEST: gi|16435492|gb|BM000712.1|BM000712
genomic: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAGgtagatctgt ... actgctgcagGTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTC
EST: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAG GTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTCEST: gi|15702977|gb|BI727282.1|BI727282
genomic: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAGgtagatctgt ... actgctgcagGTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTC
EST: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAG GTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTC
genomic: GTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAGgtagatctgt ... actgctgcagGTCGCGAACCGCTCATGGAGCCTGGATGCTAATGTTACGCTGCTGCGCTTC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTTTCTTTACATACCAGTTAAAATGTCTCTTATCGTGACTGGTGCTGATCGTTACTCGCCGGACAAGCTGCCACAGCTTGAGGCGTATGTTGATGAGCAGgtagatctgtatttcttagcagcccgtttagtcccctggccccttggtgccagcacggcgacacatgctcggcggcggcaatttgcgctgaaagcgtcctgcactgctgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG